Στις 27 Αυγούστου/9 Σεπτεμβρίου ο τουρκικός στρατός μπήκε στη Σμύρνη. Η πόλη ήταν γεμάτη από ελληνικούς πληθυσμούς, οι οποίοι είχαν καταφύγει εκεί από τα ενδότερα με την κατάρρευση του μετώπου.

Οι τελευταίες μέρες πέρασαν μέσα σε εφιαλτική αγωνία για την τύχη τους. Ο ελληνικός στρατός έφτανε κι αυτός στη Σμύρνη συνταγμένος ή μη. Ο Αριστείδης Στεργιάδης είχε εγκαταλείψει την πόλη στις 25 Αυγούστου με αγγλικό πλοίο, ενώ την ίδια μέρα η Σμύρνη άδειαζε και από τους τελευταίους υπάλληλους, εκπροσώπους του ελληνικού κράτους.

Η πόλη παραδόθηκε στις φλόγες και ο ελληνικός και ο αρμένικος πληθυσμός στη σφαγή. Απίστευτες σκηνές εκτυλίχτηκαν στην προκυμαία της Σμύρνης, όπου τα πλήθη συνέρρεαν κυνηγημένα από τους τσέτες και τη φωτιά ελπίζοντας στη σωτηρία τους. Ανάμεσα στα θύματα ήταν και ο μητροπολίτης Χρυσόστομος, ο οποίος, αρνούμενος να εγκαταλείψει το ποίμνιό του όπως του προτάθηκε, κακοποιήθηκε και θανατώθηκε από το φανατισμένο τουρκικό όχλο.

Η πυρπόληση, η σφαγή και η αιχμαλωσία ήταν η τύχη των ελληνικών πληθυσμών και στη χερσόνησο της Ερυθραίας, στις Κυδωνίες και στην περιοχή της Προποντίδας. Οι άντρες μεταφέρθηκαν σε στρατόπεδα στο εσωτερικό, ενώ κάποτε και γυναικόπαιδα ακολούθησαν ανάλογη πορεία προς την ενδοχώρα.

Με την κατάρρευση του μετώπου αποφασίστηκε η άμεση εκδίωξη των Ελλήνων του Πόντου. Οι Πόντιοι πήγαιναν όπως όπως στην Κωνσταντινούπολη, απ' όπου ύστερα περνούσαν στην Ελλάδα.

Από την ανατολική Θράκη ο ελληνικός πληθυσμός αποχώρησε μετά την υπογραφή της ανακωχής των Μουδανιών, από τον Οκτώβριο του 1922, ακολουθώντας τα ελληνικά στρατεύματα που επίσης αποχωρούσαν. Με πλοία μεταφέρθηκαν οι περισσότεροι από τους Έλληνες και της ανατολικής Θράκης, ενώ άλλοι χρησιμοποίησαν το οδικό δίκτυο των διαβάσεων του Έβρου, μεταφέροντας με υποζύγια και βοϊδάμαξες ό,τι μπορούσαν από την κινητή περιουσία τους. Λίγες μέρες αργότερα ακολούθησαν και οι Έλληνες της χερσονήσου της Καλλίπολης.

Τέλος, με τη συνθήκη της Ανταλλαγής, που υπογράφτηκε στις 30 Ιανουαρίου 1923 στη Λοζάνη, μετακινήθηκαν προς την Ελλάδα και οι τελευταίοι Έλληνες από όλα τα σημεία της Μικράς Ασίας. Εξαιρέθηκαν μόνον οι κάτοικοι της Κωνσταντινούπολης και των νησιών Ίμβρου και Τενέδου, όπως και οι μουσουλμάνοι της δυτικής Θράκης. Εκκρεμές όμως έμενε το ζήτημα της αποζημίωσης των περιουσιών των προσφύγων.