Τα έργα των εκκλησιαστικών συγγραφέων της περιόδου 1025-1081 και οι πολιτικές εξελίξεις του 12ου αιώνα επηρέασαν τη θεματική της εκκλησιαστικής λογοτεχνίας και την εξέλιξή της στην περίοδο 1081-1204. Η συμπλήρωση των κειμένων των Ακολουθιών από τον Ιωάννη Μαυρόποδα προς τα τέλη του 11ου αιώνα περιόρισε στο εξής την παραγωγή ανάλογων κειμένων, ενώ η καταπολέμηση των αιρέσεων και οι συζητήσεις για την Ένωση της Ορθόδοξης με τη Ρωμαϊκή και την Αρμενική Εκκλησία έστρεψαν τους θεολόγους στην παραγωγή σχετικών έργων. Αντιρρήσεις στην πρόθεση του Αλέξιου Α' Κομνηνού (1081-1118) να άρει το Σχίσμα με τη Δυτική Εκκλησία έφεραν με τα έργα τους ο πατριάρχης Αντιοχείας Ιωάννης Ε' Οξείτης (1089-1100) και ο πατριάρχης Ιεροσολύμων Συμεών Β' (1084-1106). Επίσης, ο αρχιεπίσκοπος Θεσσαλονίκης Νικήτας (1132/3) και ο πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Νικόλαος Α΄ Μυστικός (1147-1151) έγραψαν "Κατά Λατίνων", ενώ στο πλαίσιο της ενωτικής πολιτικής με την Εκκλησία των Αρμενίων, ο Ανδρόνικος Καματηρός συνέταξε με εντολή του αυτοκράτορα Μανουήλ Α' Κομνηνού (1143-1180) την "Ιερά Οπλοθήκη" (1170-1175), που ανασκεύαζε τις δογματικές απόψεις τους. Για την καταπολέμηση των αιρετικών διδασκαλιών, που διαδόθηκαν κυρίως στα χρόνια της βασιλείας του, ο Αλέξιος Α' ανέθεσε στο μοναχό Ευθύμιο Ζιγαβηνό τη συγγραφή εγχειριδίου κατά των αιρέσεων. Έτσι δημιουργήθηκε η "Δογματική Πανοπλία", ένα από τα σημαντικότερα θεολογικά έργα της περιόδου. Το ενδιαφέρον των εκκλησιαστικών συγγραφέων της περιόδου στράφηκε επίσης στον υπομνηματισμό πατερικών κειμένων, όπως και στη συγγραφή "Σειρών", που αποτελούσαν συλλογές αποσπασμάτων από την Αγία Γραφή και τα πατερικά κείμενα. Μεγάλη διάδοση επίσης γνώρισε η πρωτότυπη ποιητική συλλογή του Φιλίππου Μονοτρόπου που πραγματευόταν την έριδα ανάμεσα στην ψυχή και το σώμα και είχε τον τίτλο "Διάλεξις". Η αγιολογία δεν αναπτύχθηκε την περίοδο αυτή και εκπροσωπείται από το Βίο ενός ασκητή, του οσίου Μελετίου.