Η βασιλεία του
άρχισε με καλούς οιωνούς. Στις 7 Νοεμβρίου 1185 τα βυζαντινά
στρατεύματα, υπό τη διοίκηση του Αλέξιου Βρανά, κατατρόπωσαν τις
δυνάμεις των
Νορμανδών
κοντά στις Σέρρες και απομάκρυναν το
νορμανδικό κίνδυνο, ενώ ταυτόχρονα συνομολογήθηκε συνθήκη ειρήνης με
το βασιλιά της Ουγγαρίας
Βέλα Γ'.
Στην επανάσταση όμως που ξέσπασε
στη Βουλγαρία το 1186, υπό την αρχηγία των αδελφών
Πέτρου και Ασάν,
ο Ισαάκιος Β' δεν μπόρεσε να αντιδράσει αποτελεσματικά. Ήρθε για το
λόγο αυτό σε συνδιαλλαγή μαζί τους και αναγνώρισε την ίδρυση του
δεύτερου τσαρικού κράτους που καταλάμβανε τα εδάφη μεταξύ Aίμου και
Δούναβη και είχε πρωτεύουσα το Τύρνοβο. Παρά τη συμφωνία τους όμως
με τους Βυζαντινούς, οι Βούλγαροι, εκμεταλλευόμενοι την απασχόληση του
Βυζαντίου με τους γερμανούς σταυροφόρους της Γ' Σταυροφορίας
(1189-90), επέδραμαν επιτυχώς εναντίον της αυτοκρατορίας και αποτέλεσαν
από τότε έναν από τους κυριότερους αντιπάλους της.Η εσωτερική πολιτική του Ισαάκιου Β' ήταν κυρίως δημαγωγική. Για να πετύχει τη συμπάθεια του λαού, επιδόθηκε από την αρχή της βασιλείας του σε σπατάλη των χρημάτων του δημόσιου ταμείου σε χρηματικές δωρεές προς τους ευνοουμένους του και το πλήθος. Έδινε χρήματα σε χήρες και προίκιζε άπορα κορίτσια, χάριζε φόρους σε πόλεις ολόκληρες, ανοικοδομούσε ναούς, έφτιαχνε πανδοχεία και νοσοκομεία, ενώ ιδιαίτερα σπάταλος ήταν και στην προσωπική του ζωή. Τα μέτρα αυτά εξάντλησαν, όπως ήταν φυσικό, το δημόσιο ταμείο και ανάγκασαν τον αυτοκράτορα να επιβάλει καινούργια φορολογικά μέτρα, να ξαναεπιτρέψει την εξαγορά των δημόσιων θέσεων και να νοθεύσει το νόμισμα. Αποτέλεσμα ήταν να επιδεινωθεί η κατάσταση του κράτους. Η όλη πολιτική ευνόησε την εξύφανση συνωμοσίας από τον αδελφό του αυτοκράτορα Αλέξιο το 1195. Ο τελευταίος συνέλαβε τον Ισαάκιο Β', τον τύφλωσε και ανέλαβε την εξουσία.