Οι θολωτοί τάφοι, εκτός από ένα μοναδικό παράδειγμα από τις Αρχάνες, δεν έχουν διατηρηθεί μέχρι τη στέγη τους, με συνέπεια να παραμένει άγνωστος ο τρόπος με τον οποίο στεγάζονταν. Ο σωρός των πεσμένων λίθων στο κέντρο των θολωτών τάφων αποτελεί τη μοναδική ένδειξη για μία κατεστραμμένη λίθινη ανωδομή, που ίσως κατέληγε σε επίπεδη ή θολωτή στέγη. Αν και έχει επικρατήσει ο όρος θολωτοί τάφοι, μόνο ελάχιστα από αυτά τα ταφικά μνημεία πληρούν τα μορφολογικά χαρακτηριστικά μίας ολοκληρωμένης θόλου. Μία σειρά αρχιτεκτονικών ενδείξεων οδηγεί σε διαφορετικές αποκαταστάσεις. Oι δύο επικρατέστερες από αυτές είναι η εκδοχή της λίθινης θόλου και της επίπεδης στέγης. Kαι οι δύο λύσεις έχουν πλεονεκτήματα αλλά και αδύνατα σημεία.

Τα επιχειρήματα υπέρ της θολωτής στέγης στηρίζονται κυρίως στο γεγονός ότι οι τοίχοι τους κλίνουν προς το εσωτερικό του κτίσματος και το μεγάλο πάχος τους δείχνει ότι στήριζαν το μεγάλο βάρος της ανωδομής. Oι προεξέχουσες πλάκες της εσωτερικής τοιχοδομίας ίσως είναι τμήματα σκάλας που οδηγούσε στο επάνω μέρος της θολωτής κατασκευής. Tο κύριο επιχείρημα για την επίπεδη στέγη είναι ότι δεν έχει βρεθεί αρκετό οικοδομικό υλικό στο κέντρο των τάφων που να στηρίζει την εκδοχή μιας κτιστής θόλου. Μία λύση του προβλήματος πάντως είναι ότι η ανωδομή ήταν κατασκευασμένη από ελαφρότερο υλικό, ίσως πλίνθους ή και ξύλα. Στην περίπτωση αυτή η στέγη των τάφων μπορούσε να απομακρυνθεί για να ταφεί ο επόμενος νεκρός και τα εσωτερικά σκαλιά θα χρησίμευαν για να φθάσει κανείς στην οροφή μετά από κάθε ταφή. Κατά μία άλλη εκδοχή οι θολωτοί τάφοι δεν ήταν καθόλου στεγασμένοι, εφόσον απουσιάζουν τελείως τα εσωτερικά στηρίγματα που θα απαιτούνταν στις μεγαλύτερες θόλους.