Ήδη από την αρχή της πρώιμης Χαλκοκρατίας (3650-2000 π.Χ) αρχίζει να εγκαταλείπεται στην Κρήτη το νεολιθικό ταφικό έθιμο της απόθεσης των νεκρών σε σπήλαια ή βραχοσκεπές και γενικεύεται η χρήση των νεκροταφείων. Κάθε γένος διατηρούσε στα νεκροταφεία το δικό του ταφικό κτήριο που χρησιμοποιόταν από γενιά σε γενιά επί πολλούς αιώνες. Ο χαρακτηριστικότερος τύπος ταφικών κτηρίων της Μινωικής εποχής είναι τα κυκλικά ταφικά κτήρια, που είναι γνωστά ως θολωτοί τάφοι, οι οποίοι παρουσιάζουν μεγαλύτερη διάδοση στο νοτιοδυτικό τμήμα της Κρήτης, ιδιαίτερα στην πεδιάδα της Μεσαράς. Στην ανατολική Κρήτη συνηθίζονταν αντίθετα τα ορθογώνια ταφικά κτήρια. Οι νεκροί αποτίθενταν σε ιδιαίτερους χώρους και τα οστά των παλαιότερων ταφών συγκεντρώνονταν σε γειτονικά οστεοφυλάκια που προστίθενταν στο αρχικό κτίσμα. Τα χαρακτηριστικότερα παραδείγματα του ορθογώνιου ταφικού τύπου βρέθηκαν στο Μόχλο, στο Παλαίκαστρο και στα Γουρνιά.
Οι νεκροί τοποθετούνταν ανάσκελα με μαζεμένα τα πόδια σε λάρνακες, σε ξύλινα φέρετρα, σε ρηχούς λάκκους μέσα στους τάφους ή επάνω στο δάπεδο των τάφων. Τα οστά των παλαιότερων ταφών παραμερίζονταν για να δημιουργηθεί χώρος για τις νέες ταφές και μερικές φορές καιγόταν το εσωτερικό του τάφου πριν από τη νέα ταφή. Αυτό το φαινόμενο, χωρίς να θεωρείται ασέβεια των νεκρών προγόνων, διαφοροποιείται πολύ από τα ταφικά έθιμα της Αιγύπτου, όπου δινόταν σημασία όχι μόνο στη μνήμη αλλά και στη διατήρηση του σώματος των νεκρών. Η καύση των νεκρών στην Κρήτη παρατηρείται μόνο κατ' εξαίρεσιν. Οι νεκροί συνοδεύονταν από κτερίσματα που ήταν συνήθως κοσμήματα, όπλα, προσωπικά αντικείμενα και αγγεία, ο αριθμός και η ποιότητα των οποίων ήταν ανάλογα με την κοινωνική θέση του νεκρού. Οι πολεμιστές της εποχής της μυκηναϊκής κυριαρχίας στην Κρήτη θάβονταν με ολόκληρο τον οπλισμό τους, κατά το έθιμο της μυκηναϊκής Ελλάδας.
Εκτός από τα ταφικά κτήρια υπήρχαν και ανεξάρτητες ταφές. Οι λακκοειδείς τάφοι ήταν απλοί λάκκοι σκαμμένοι σε μαλακό βράχο. Ένα σπανιότερο είδος αποτελούσαν οι κτιστοί κιβωτιόσχημοι τάφοι, που θεωρούνται μία από τις κυκλαδικές επιρροές και περιορίζονται στη βόρεια Κρήτη. Ένα άλλο ταφικό έθιμο, που ήταν διαδεδομένο κυρίως κατά τη Μεσομινωική περίοδο, ήταν οι πιθοταφές. Οι νεκροί τοποθετούνταν μέσα σε πίθους, δεμένοι σε συνεσταλμένη στάση. Μερικά χαρακτηριστικά παραδείγματα πιθοταφών βρέθηκαν στο νεκροταφείο της Παχυάμμου.
Κατά τη Μετανακτορική εποχή (1390-1070 π.Χ.) οι τάφοι περιείχαν τρεις έως πέντε νεκρούς. Το φαινόμενο αυτό ερμηνεύεται συχνά ως αποδυνάμωση του κοινωνικού ρόλου του γένους και ισχυροποίηση της ατομικότητας των μελών του, ένα φαινόμενο που ήταν αποτέλεσμα της άνισης κατανομής του πλούτου. Οι πλουσιότεροι τάφοι αυτής της εποχής ανήκουν στον τύπο του θολωτού τάφου, ενώ εμφανίζονται και οι θαλαμοειδείς τάφοι. Oι τάφοι αυτοί ήταν υπόγειοι, λαξευμένοι σε πλαγιές λόφων και είχαν είσοδο στο τέρμα ενός μακρόστενου, επίσης λαξευμένου δρόμου.

Είναι πολύ δύσκολο να ανιχνευθούν οι δοξασίες των Μινωιτών για τις σχέσεις των νεκρών με τις θεότητες. Είναι βέβαιο όμως ότι καθ' όλη τη διάρκεια της εποχής του Χαλκού, στους χώρους των νεκροταφείων τελούνταν ειδικές νεκρικές τελετουργίες και ίσως ολόκληροι οι χώροι των νεκροταφείων να θεωρούνταν ιερές περιοχές. Προς τιμήν του νεκρού γίνονταν τελετουργικές πόσεις, μετά από τις οποίες τα κύπελλα σπάζονταν και τα θραύσματά τους εγκαταλείπονταν κοντά στον τάφο. Υπάρχουν επίσης ενδείξεις ότι στα νεκροταφεία λάμβαναν χώρα πομπές και θυσίες. Η καλύτερη μαρτυρία για τις νεκρικές τελετουργίες προσφέρεται στις παραστάσεις της περίφημης σαρκοφάγου της Αγίας Τριάδας, όπου απεικονίζονται με μεγάλη ακρίβεια σκηνές χοής, πομπής και θυσίας συνδεμένες με τη νεκρική λατρεία.