Η έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας δεν έγινε αισθητή μόνο στο νησί και σε μία μικρή ακτίνα γύρω από αυτό, αλλά σε ολόκληρη την ανατολική Μεσόγειο. Στρώματα τέφρας, που χρονολογούνται στην έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, βρέθηκαν σε πολλά νησιά του Αιγαίου και της ανατολικής Μεσογείου, όπως η Μήλος, η Ρόδος, η Κύπρος, αλλά και σε πιο απομακρυσμένες περιοχές, όπως η Μικρά Ασία, η Παλαιστίνη, η Συρία, η Τυνησία, η Αίγυπτος και η Μαύρη Θάλασσα.

Μετά από την ανασκαφή δύο παράκτιων μινωικών εγκαταστάσεων, της πόλης της Αμνισού, στη βόρεια παραλία της Κρήτης και του ανακτόρου της Ζάκρου, στην ανατολική ακτή, όπου βρέθηκαν ηφαιστειακή τέφρα και άμμος, διατυπώθηκε η θεωρία ότι τα τεράστια παλιρροϊκά κύματα (tsunami) που ξέσπασαν μετά την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας ήταν η αιτία της τελικής καταστροφής των μινωικών ανακτόρων. Μετά από πολύχρονες μελέτες των δεδομένων της ηφαιστειακής καταστροφής έχει σχηματιστεί η άποψη ότι τα παλιρροϊκά κύματα δεν μπορεί να ήταν τόσο ισχυρά ώστε να φθάσουν στην Κρήτη. Οι συνέπειες της έκρηξης του ηφαιστείου της Θήρας σε απομακρυσμένες περιοχές δε φαίνεται να ήταν στο σύνολό τους τόσο καταστροφικές, όσο πιστευόταν παλαιότερα, και ίσως ωφέλησαν μάλιστα τις αγροτικές καλλιέργειες με την προσθήκη της τέφρας. Έτσι, σήμερα έχει επικρατήσει η άποψη ότι τα νέα μινωικά ανάκτορα καταστράφηκαν, όπως και τα παλαιά, από σεισμικές δονήσεις και πυρκαγιά και ότι η αιτία της παρακμής του μινωικού πολιτισμού στο τέλος της Νεοανακτορικής περιόδου δεν ήταν η έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, αλλά ίσως εσωτερικές αναταραχές, που κατέληξαν στην κατάρρευση του πολιτικού συστήματος.

Και ενώ η σχετική χρονολόγηση αυτής της καταστροφής στο τέλος της Υστερομινωικής IA (1550-1450 π.Χ.) είναι απολύτως βεβαιωμένη, η απόλυτη χρονολόγηση της ηφαιστειακής έκρηξης αποτελεί ένα αμφιλεγόμενο σημείο που την τελευταία δεκαετία έχει εξελιχθεί σε ένα από τα πιο επίμαχα ζητήματα της αιγαιακής προϊστορίας. Η χρονολόγηση της ηφαιστειακής έκρηξης και μαζί της το τέλος της Υστερομινωικής IA περιόδου τοποθετείται με βάση νέες μεθόδους χρονολόγησης γύρω στο 1628/7 π.X., μεταθέτοντας έτσι την αρχή της Ύστερης εποχής του Χαλκού στο Αιγαίο περίπου 100 χρόνια πριν από όσο πιστευόταν μέχρι πρόσφατα. Ο καταποντισμός της Θήρας έχει συνδεθεί στο παρελθόν και με το μύθο της Ατλαντίδας, ο οποίος αναφέρεται από τον Πλάτωνα και αιγυπτιακές πηγές και αποτελεί ακόμη για ιστορικούς, αρχαιολόγους και ερευνητές έναν άλυτο ιστορικό γρίφο.