Τα προνεογενή πετρώματα της Κρήτης εκτείνονται επάνω στο γεωλογικό πυρήνα του νησιού και αποτελούνται κυρίως ένα σκουρόχρωμο, χονδρόκοκκο, κρυσταλλικό και ελαφρώς μεταμορφωμένο ασβεστόλιθο, ο οποίος εναλλάσσεται συχνά με ζώνες πυριτόλιθου. Στο ασβεστολιθικό τμήμα περιλαμβάνονται οι οροσειρές των Λευκών Όρεων, της Ίδης, τα Ταλέα Όρη, οι οροσειρές του Λασιθίου και του Όρνου και το ακρωτήρι του Αγίου Ιωάννη. Τα προνεογενή πετρώματα είναι πολύ σκληρά και χαρακτηρίζονται από υδάτινες φλέβες. Η τοπογραφία της Κρήτης όπως άλλωστε και της υπόλοιπης Ελλάδας, είναι καρστική με κύριο χαρακτηριστικό τα πολυάριθμα σπήλαια, τις πηγές και τις λεγόμενες καταβόθρες. Το βαθύτερο γεωλογικό στρώμα είναι το Τρυπάλι, ένα στέρεο ασβεστολιθικό και δολομιτικό πέτρωμα, που παρατηρείται κυρίως στο δυτικό τμήμα του νησιού και σχηματίστηκε κατά το διάστημα από την τελευταία Τριάσια μέχρι την πρώιμη Iουράσια περίοδο. Επάνω από αυτό βρίσκεται ένα στρώμα φυλίτη-χαλαζίτη, που χρονολογείται στην περίοδο Πέρμιαν και την Τριασιακή.

Αυτός ο σχηματισμός παρατηρείται στο υπέδαφος της νοτιοδυτικής Κρήτης και στην περιφέρεια του Όρνου, ανατολικά του ισθμού της Ιεράπετρας, αλλά και σε πολλές άλλες τοποθεσίες του νησιού. Βαθύτερα βρίσκεται το στρώμα της Πίνδου-Εθέας, που αποτελεί μια ομάδα ενδιάμεσων στρωμάτων, που ονομάζονται υποπελαγονικές και συνδυάζονται με ένα σύστημα οφιολιτών. Ένα άλλο πέτρωμα αυτής της ομάδας αποτελεί ο συνδυασμός σερπεντινίτη και αμφιβολίτη. Μία ασβεστολιθική ενότητα, η σειρά Gavrovo-Tripolitza σχηματίζει διάφορες οροσειρές από το ανατολικό άκρο του νησιού μέχρι το δυτικό, στις οποίες περιλαμβάνονται τα όρη του Ψηλορείτη και του Λασιθίου. Ο ασβεστολιθικός πυρήνας αυτής της σειράς εναποτέθηκε κατά το ύστερο Τριάσιο έως το μέσο Ηώκαινο, περίπου 220-245 εκατομμύρια χρόνια πριν. Ο φλύσχης, ένα πέτρωμα, που απαντά συχνά στον Ψηλορείτη και στα Αστερούσια είναι ενδεχομένως ένα στρώμα της σειράς της Τριπολιτσάς.