Oι ιεροί χώροι των ανακτόρων αναγνωρίζονται από συγκεκριμένα αρχιτεκτονικά στοιχεία που ήταν σχεδιασμένα για να εξυπηρετούν τις ιερές τελετές, όπως οι δεξαμενές καθαρμών, οι ιερές κρύπτες, τα θρανία, οι κόγχες και οι πεσσοί. Στην Kνωσό η συχνή επίστεψη οικοδομικών μελών με λίθινα ιερά κέρατα, τα θρησκευτικά θέματα των τοιχογραφιών και τα λιθοξοϊκά χαράγματα του διπλού πελέκεως αποτελούν ενδείξεις ότι ολόκληρος ο χώρος του ανακτόρου χαρακτηριζόταν από ιερότητα.

Eκτός από αυτά τα στοιχεία που απαντούν σε πολλά κτίσματα, υπήρχαν και ειδικά διαμορφωμένοι χώροι για θρησκευτικές τελετουργίες. Ήδη από τους παλαιοανακτορικούς χρόνους, κάνει την εμφάνισή του στο ανάκτορο της Φαιστού το τριμερές ιερό. Αυτό το οικοδόμημα αποτελείται από τρία μικρά, συνεχόμενα δωμάτια. Tο κεντρικό δωμάτιο είχε μάλλον μεγαλύτερο ύψος από τα άλλα δύο, όπως δείχνουν οι απεικονίσεις, που είναι γνωστές από τους νεοανακτορικούς χρόνους. Πίσω από το κεντρικό δωμάτιο υπήρχε ένα μικρότερο, με τράπεζα προσφορών και ένα κοίλωμα στο δάπεδο για να συγκεντρώνονται οι σπονδές. Στο εσωτερικό του ιερού υπήρχαν θρανία και ποικίλα σκεύη για την προετοιμασία λατρευτικών τελετών. Ανάμεσα στα κινητά ευρήματα βρέθηκαν λίθινες και πήλινες τράπεζες προσφορών και μικροί βωμοί. Στο εξωτερικό παρατηρήθηκε ένα λάξευμα, όπου βρέθηκε τέφρα και οστά ζώων, και όπου πιθανότατα γίνονταν θυσίες. Στη δυτική πτέρυγα της Kνωσού υπήρχε ένα πιο οργανωμένο σύστημα χώρων με ιερές κρύπτες, περίστυλους χώρους, δεξαμενές καθαρμών και ιερά θησαυροφυλάκια, ενώ η χαρακτηριστική τριμερής διάταξη παρατηρήθηκε μόνο σε ένα μικρό τμήμα της δυτικής πρόσοψης.

Οι ιερές δεξαμενές ή δεξαμενές καθαρμών ήταν μικρά δωμάτια με χαμηλότερο δάπεδο, όπου κατέβαινε κανείς με σκαλιά. Αρχικά οι χώροι αυτοί ερμηνεύτηκαν ως λουτρά. Η εκδοχή αυτή είναι όμως πρακτικά αδύνατη, εφόσον λείπει από αυτές εντελώς η αποχέτευση. Το γεγονός ότι στο εσωτερικό τους βρέθηκαν αγγεία προχυτικά και περίτεχνα τελετουργικά σκεύη δείχνει ότι γίνονταν σπονδές και τελετουργικοί καθαρμοί.

 

Οι κρύπτες είναι χώροι λατρείας των ανακτόρων, αν και έχουν εκφραστεί αμφιβολίες για την ιερότητά τους. Στο κεντρικό τους τμήμα δεσπόζει ένας τετράγωνος πεσσός. Οι κρύπτες είναι πολύ μικρές σε διαστάσεις ώστε να δικαιολογείται η παρουσία των κεντρικών πεσσών για στατικούς λόγους. Ίσως ο πεσσός να αποτελούσε το αντικείμενο λατρείας, που συμβόλιζε σ' αυτή την περίπτωση το ιερό δέντρο, όπως δείχνουν κάποια παραδείγματα λιθολατρείας και ανεικονικής θρησκείας από άλλους πολιτισμούς.

Σε μινωική άλλωστε κατοικία στο λόφο Γυψάδες της Kνωσού βρέθηκαν διακόσια περίπου κωνικά κύπελλα, ίσως με ιερές προσφορές, γύρω από τον κεντρικό πεσσό. Στις κρύπτες του ανακτόρου της Kνωσού εξάλλου, βρέθηκαν οστά ζώων, ενώ σε στύλους είχαν χαραχθεί διπλοί πελέκεις. Βάσεις διπλών πελέκεων βρέθηκαν και κοντά στους πεσσούς, όπως επίσης αυλάκια για τα υγρά των θυσιών.
Οι χώροι επάνω από τις κρύπτες χαρακτηρίζονται επίσης ιεροί, είχαν όμως συνηθισμένους κίονες. Επάνω από τις κρύπτες της δυτικής πτέρυγας της Kνωσού υπήρχε ένας χώρος με τρεις κίονες, στον οποίο αναγνωρίζεται το τρικιόνιο ιερό, που απεικονίζεται συχνά στις τοιχογραφίες. Ένα πήλινο ομοίωμα κτηρίου από την Kνωσό δείχνει τρεις κίονες, επάνω στους οποίους κάθονται πουλιά, ίσως σε μία σκηνή θεοφάνειας. Πολλές φορές στη μινωική τέχνη απεικονίζονται ζώα και μυθικά όντα να περιβάλλουν κίονες. Λιθοξοϊκά χαράγματα ιερών κόμβων και διπλών πελέκεων στους κίονες δείχνουν ότι και αυτοί είχαν λατρευτική σημασία.