Κατά τη Μεσομινωική II περίοδο (2000-1550 π.Χ.) η ίδρυση των ανακτόρων αντιπροσωπεύει μία νέα μορφή αστικής εγκατάστασης, που προέρχεται από την Ανατολή και εμφανίζεται για πρώτη φορά στην Ευρώπη. Τα μινωικά ανάκτορα δέσποζαν στο μέσο εύφορων πεδιάδων, όπως στην περίπτωση της Κνωσού, και σε οροπέδια, όπως η Φαιστός. Τα παραθαλάσσια ανάκτορα της Ζάκρου και των Μαλίων δείχνουν τη σημασία της γειτνίασης τέτοιων εγκαταστάσεων με τη θάλασσα.

Παράλληλα με τα ανάκτορα λειτουργούσαν και μικρότερες οικιστικές ενότητες με παρόμοια αρχιτεκτονική διάρθρωση, οι λεγόμενες μινωικές επαύλεις. Σε πολλές εγκαταστάσεις μάλιστα η μέχρι τώρα ερευνημένη έκταση είναι τόσο περιορισμένη ώστε να παραμένει ακόμη αμφίβολο, αν πρόκειται για ανάκτορα ή επαύλεις. Οι επαύλεις κτίζονταν σε τοποθεσίες που παρουσίαζαν ανάλογα πλεονεκτήματα με εκείνες των ανακτόρων. Παρόλο που και στις δύο αυτές μορφές εγκατάστασης είχαν προβλεφθεί ειδικά διαμορφωμένοι χώροι για την τέλεση θρησκευτικών τελετών, ιδρύθηκαν σε απομακρυσμένες τοποθεσίες, όπως σε βουνοκορφές ή σε σπήλαια και μεμονωμένα ιερά κτίσματα.

Μία σειρά εγκαταστάσεων της Υστερομινωικής κυρίως περιόδου, που κτίστηκαν σε εύφορες περιοχές της ενδοχώρας, χαρακτηρίζονται αγροτικές κατοικίες. Mία χαρακτηριστική τέτοια αγροικία αποτελεί το κτήριο στο Bαθύπετρο, στην ευρύτερη περιοχή των Αρχανών, όπου σε σχετικά περιορισμένη έκταση συνυπάρχουν χώροι κατοικίας, εργαστηριακές εγκαταστάσεις και ένα τριμερές ιερό.