Η πρώτη κατοίκηση της Κρήτης τοποθετείται χρονολογικά στη Νεολιθική εποχή. Η Κνωσός μάλιστα, που εξελίχθηκε σε ένα από τα σημαντικότερα κέντρα της εποχής του Χαλκού, εμφανίζει ήδη από την ακεραμική Νεολιθική περίοδο μία πολύ πρώιμη εξέλιξη και αποτελεί την κύρια πηγή πληροφοριών για αυτή την εποχή στο νότιο Αιγαίο.

Τα οικοδομήματα των στρωμάτων ΙΧ μέχρι ΧΙΙΙ, που ανήκαν στην Πρώιμη Νεολιθική περίοδο στην Κνωσό, είχαν ορθογώνιο σχήμα, πολλά μικρά δωμάτια και μάλλον επίπεδες στέγες. Σε αυτή την περίοδο εμφανίζονται τα πρώτα δείγματα κεραμικής ήδη πλήρως τεχνολογικά εξελιγμένα, πράγμα που δηλώνει την εισαγωγή της κεραμικής τέχνης στην Κρήτη μάλλον από περιοχές της Ανατολής.

Τα λίθινα εργαλεία και τα υφαντικά βαρίδια δείχνουν την πλήρη είσοδο της Κρήτης στο στάδιο της τεχνολογικά εξελιγμένης αγροτικής ζωής, που είναι το κύριο χαρακτηριστικό της Νεολιθικής περιόδου. Τα γυναικεία ειδώλια μαρτυρούν τις θρησκευτικές δοξασίες, που ίσως απηχούν τα κοινωνικά πρότυπα της περιόδου.

Η Ύστερη Νεολιθική περίοδος στην Κνωσό έχει να επιδείξει κτήρια με σταθερές εστίες, ο τύπος των οποίων είναι μοναδικός στην Κρήτη ακόμη και μεταξύ των υστερότερων φάσεων. Κατά την ίδια περίοδο αρχίζει να χρησιμοποιείται και ο ακατέργαστος χαλκός για την κατασκευή εργαλείων. Σε πολλά σημεία της Κρήτης παρατηρείται τώρα η τάση για μια πιο συστηματική και μόνιμη εγκατάσταση.
Σε όλη τη διάρκεια της Νεολιθικής εποχής οι νεκροί θάβονταν μέσα στους οικισμούς, πράγμα που βεβαιώνεται κυρίως από τα ευρήματα της Κνωσού, κατά δε την Ύστερη Νεολιθική περίοδο είναι συχνότερες οι ταφές σε σπήλαια και σε δυσπρόσιτα μέρη.