Το ανάκτορο των Μαλίων βρίσκεται στην άκρη της ομώνυμης πεδιάδας, σε μικρή απόσταση από τη θάλασσα. Η θέση του διευκόλυνε τόσο την επαφή με την εύφορη ενδοχώρα, όσο και τις εμπορικές δραστηριότητες στη θάλασσα. Σε μικρή απόσταση από το μινωικό ανάκτορο βρίσκεται η νεκρόπολη του Χρυσόλακκου και το ιερό κορυφής του Προφήτη Hλία.

Το ανακτορικό συγκρότημα περιστοιχιζόταν από σημαντικά κτήρια της πόλης των Μαλίων και φαίνεται ότι ακολούθησε μία παράλληλη ιστορική πορεία με τα υπόλοιπα μινωικά ανάκτορα. Για την κατασκευή του ανακτόρου χρησιμοποιήθηκαν ντόπια οικοδομικά υλικά, όπως η σιδηρόπετρα, ο ψαμμόλιθος και οι κροκαλοπαγείς λίθοι. Τα ανασκαφικά δεδομένα βεβαιώνουν την ύπαρξη δύο ορόφων. H βόρεια είσοδος, από την πλευρά της θάλασσας ήταν η κυριότερη είσοδος του ανακτόρου. Κοντά σ' αυτή βρίσκεται το λεγόμενο λοξό κτήριο, ένα δείγμα της μυκηναϊκής κυριαρχίας που γίνεται και εδώ αισθητή. Το κύριο σημείο αναφοράς του ανακτόρου ήταν πάλι η κεντρική αυλή, που είχε έναν κεντρικό βωμό και στοές στις δύο πλευρές της. Μικρότερες αυλές βρίσκονταν και στο βόρειο τμήμα του ανακτόρου, ενώ πιστεύεται ότι στη βορειοδυτική πτέρυγα υπήρχαν εσωτερικοί κήποι. Στη δυτική πτέρυγα ήταν συγκεντρωμένα τα ιδιωτικά διαμερίσματα, τα διαμερίσματα για τις δημόσιες λειτουργίες και μία σειρά από λατρευτικούς χώρους. Η λότζια, μία υπερυψωμένη αίθουσα με πεσσό, που επικοινωνούσε άμεσα με την κεντρική αυλή, ερμηνεύεται ως αίθουσα του θρόνου κατά το παράδειγμα της Κνωσού. Στην πίσω πλευρά αυτού του χώρου υπήρχε ένα θησαυροφυλάκιο.

Τα γειτονικά δωμάτια ήταν μάλλον εργαστήρια ελεφαντουργίας και μεταλλουργίας, ενώ πίσω από τα εργαστήρια βρισκόταν μία δεξαμενή καθαρμών. Nότια της λότζιας, μία σκάλα οδηγούσε ίσως στο Piano Nobile του επάνω ορόφου. Mία άλλη μεγάλη αίθουσα με υπόστυλη κρύπτη, χαρακτηρίζεται ως χώρος συναθροίσεων. Τα διαμερίσματα αυτά χωρίζονταν από τις αποθήκες της δυτικής πτέρυγας με έναν μακρύ διάδρομο. Στο νότιο τμήμα της δυτικής πτέρυγας μία πολύ πλατιά σκάλα αποτελεί τη μικρογραφία ενός θεατρικού χώρου, όπου εντοπίστηκε και ένας σταθερός λίθινος κέρνος. Ένα αυτόνομο διαμέρισμα, νότια του θεατρικού χώρου, με θρανία και λατρευτικά αντικείμενα έχει χαρακτηριστεί ως ιερό.

Στη βόρεια πτέρυγα υπήρχαν επίσης δημόσιοι χώροι σημαντικοί για τη λειτουργία του ανακτόρου, όπως μία μεγάλη υπόστυλη αίθουσα με κίονες και ένα ιερό. Γύρω από τη βόρεια αυλή υπήρχαν αποθήκες, εργαστήρια και ένα ελαιοτριβείο. Την ανατολική πλευρά καταλάμβαναν αποθήκες με χαμηλά πεζούλια για την τοποθέτηση πιθαριών και αγωγούς αποχέτευσης. Στη νοτιοδυτική άκρη του ανακτόρου υπήρχαν δύο σειρές από κουλούρες που χρησίμευαν μάλλον ως σιταποθήκες. Στη νότια πτέρυγα βρίσκονταν κυρίως εργαστηριακοί χώροι.
Στους χώρους του ανακτόρου των Μαλίων βρέθηκαν μερικά από τα αριστουργήματα της μινωικής τέχνης. Ανάμεσα σε αυτά διακρίνονται δύο μικρά ξίφη με χρυσοποίκιλτες λαβές, ένας λίθινος τρίτων με ανάγλυφη παράσταση και τελετουργικά όπλα.