Η σημασία της Mονής του Αγίου Ευγενίου και ο ρόλος της στην πνευματική ζωή της Τραπεζούντας καταδεικνύεται από δύο πολύτιμες μαρτυρίες: η πρώτη είναι ένα χειρόγραφο του 14ου αιώνα, που σήμερα βρίσκεται στη Μονή Σινά, το οποίο γνωρίζουμε ότι γράφτηκε στο μοναστήρι του Αγίου Ευγενίου από τον αυτοκρατορικό νοτάριο Γεώργιο Ρεφερενδάριο. Πρόκειται δηλαδή για μια, μεμονωμένη έστω, ένδειξη ότι στη μονή λειτουργούσε σκριπτόριο, δηλαδή εργαστήριο "παραγωγής βιβλίων" και αντιγραφής κωδίκων.
Η δεύτερη πληροφορία αφορά στη λειτουργία σχολής αστρονομίας στη μονή, καθώς φαίνεται ότι ο Χιονιάδης, γιατρός από την Κωνσταντινούπολη που έζησε για ένα διάστημα στην Τραπεζούντα, παρέδιδε στο χώρο του μοναστηριού μαθήματα αστρονομίας, τα οποία παρακολουθούσαν και Αρμένιοι. Το στοιχείο αυτό αποτελεί τεκμήριο για το ρόλο της μονής στην παιδεία και στον πολιτισμό της Τραπεζούντας και έρχεται να προστεθεί σε μια σειρά μαρτυριών, σύμφωνα με τις οποίες η πόλη αποτέλεσε κέντρο καλλιέργειας της αστρονομίας και προώθησης των σχετικών ερευνών.