Ο καίριος ρόλος του Μανουήλ Μεγάλου Κομνηνού ως χορηγού της Αγίας Σοφίας Τραπεζούντας μαρτυρείται σε χαμένη σήμερα, αλλά γνωστή από σχέδια του τέλους του 19ου αιώνα επιγραφή, η οποία συνοδεύει την προσωπογραφία του και τον αναφέρει ως "πιστό βασιλέα και αυτοκράτορα Ρωμαίων, κτήτορα της αγίας μονής". Το μνημείο όμως δε σταμάτησε, όπως φαίνεται, να αποτελεί πόλο έλξης του αυτοκρατορικού ενδιαφέροντος και μετά τα μέσα περίπου του 13ου αιώνα, οπότε σε γενικές γραμμές τοποθετείται η αρχική διαμόρφωση και διακόσμησή του. Έτσι, οι προσθήκες και επισκευές του πρώιμου 15ου αιώνα συνδυάστηκαν με την ανέγερση πύργου και παρεκκλησιού, αποτέλεσμα αυτή τη φορά της δραστηριοποίησης του Αλεξίου Δ΄ (1417-1429) και του γιου του Ιωάννη Δ΄ Μεγάλου Κομνηνού (1429-1458). Η συναπεικόνιση των δύο τελευταίων εκατέρωθεν της μορφής της Θεοτόκου, σε πίνακα που κοσμεί το εξωτερικό του πύργου, θα μπορούσε να προσεγγισθεί και ως μία προσπάθεια του Ιωάννη να νομιμοποιήσει την εξουσία του, αλλά και να εξιλεωθεί, καθώς για να ανέλθει στον αυτοκρατορικό θρόνο της Τραπεζούντας είχε συνεργήσει στη δολοφονία του ίδιου του πατέρα του. Δε θα ήταν επομένως τυχαία η επιλογή του λαμπρού καθιδρύματος της Αγίας Σοφίας, προκειμένου να προβληθεί και να επιτευχθεί ένας τέτοιος, προσωπικός και ταυτόχρονα πολιτικός, στόχος.