Το ιερό τέμενος με το άλσος, το μαντείο του Τροφωνίου και τα διάφορα σεβάσματα βρισκόταν στην περιοχή των πηγών της Έρκυνας, της σημερινής Κρύας, και πιθανώς εκτεινόταν σε τμήμα του φαραγγιού, στο λόφο του μεσαιωνικού κάστρου και στα γύρω υψώματα. Τα ίχνη του όμως έχουν χαθεί από το αμείλικτο πέρασμα των αιώνων και τη συνεχή ανθρώπινη δραστηριότητα στην περιοχή. Για το λόγο αυτό οι επιγραφικές και φιλολογικές πηγές αποτελούν σχεδόν τα μόνα βοηθήματα στη σημερινή προσπάθεια κατανόησης της αρχαίας οργάνωσης και λειτουργίας του.

 

Οι πιο πολλές και συστηματικές πληροφορίες για το μαντείο του Τροφωνίου και το τελετουργικό του περιέχονται στην περίφημη περιγραφή του Παυσανία. Από αυτή προκύπτει μια περίπλοκη τριμερής τοπογραφική διάταξη των ιερών χώρων του τεμένους, την οποία πιθανότατα επέβαλλαν η διαμόρφωση του εδάφους και η λατρευτική παράδοση. Επίκεντρο της λατρείας ήταν οι πλούσιες πηγές της Έρκυνας, στη δυτική πλευρά της οποίας ήταν το ιερό άλσος του Τροφωνίου, όπου υπήρχαν πολλά ιερά καθιδρύματα και όπου οι μυθολογικές παραδόσεις τοποθετούσαν το χάσμα της γης που άνοιξε και κατάπιε τον θεό. Ήταν ο λεγόμενος «λάκκος του Αγαμήδη», όπου κάθε χρηστηριαζόμενος θυσίαζε αρχικά τη νύχτα πριν κατέβει στο άντρο του Τροφωνίου. Εκεί πιθανώς βρίσκονταν τα ιερά της Έρκυνας, της Δήμητρας, αλλά και του ίδιου του Τροφωνίου, στο εσωτερικό του οποίου υπήρχε το λατρευτικό άγαλμα του θεού, έργο, κατά τον Παυσανία, του φημισμένου Αθηναίου γλύπτη Πραξιτέλη, που απεικόνιζε το θεό με σκήπτρο όπου ήταν τυλιγμένα φίδια, κάνοντάς τον έτσι να μοιάζει με τον Ασκληπιό. Στις πηγές του ποταμού, πλάι σε μια σπηλιά, υπήρχαν αγάλματα που ο Παυσανίας αποδίδει στον Τροφώνιο και την Έρκυνα, όμοια με αυτά του Ασκληπιού και της Υγείας. Κατόπιν, ανηφορίζοντας στο βραχώδες ύψωμα, όχι πολύ μακριά από της πηγές, ίσως κάπου στον ευρύτερο χώρο του σημερινού μεσαιωνικού κάστρου, κανείς έφτανε στο μαντείο, κάθετο σπηλαιώδες άνοιγμα με στόμιο που οδηγούσε σε υπόγειο θάλαμο. Από εκεί, συνεχίζοντας κανείς τον ορεινό δρόμο έφτανε πρώτα σε ιερό αποκαλούμενο «το κυνήγι της Κόρης», καθώς και στον μεγάλο ημιτελή ναό του Διός Βασιλέως, που βρισκόταν σε περίοπτη θέση, στην κορυφή του ψηλού λόφου του Προφήτη Ηλία. Στην ίδια περιοχή υπήρχε και ιερό του Απόλλωνα.

 

Από τις αναφορές του Ηροδότου συνάγεται ότι το μαντείο ήταν φημισμένο ήδη από τα αρχαϊκά χρόνια, καθώς εκεί χρηστηριάστηκε ο βασιλιάς της Λυδίας Κροίσος το 550 π.Χ. (Ηροδ. 1, 46-47). Εβδομήντα χρόνια αργότερα, το 480 π.Χ., επισκέφθηκε το Τροφώνειο και o απεσταλμένος του Μαρδόνιου για να πληροφορηθεί σχετικά με την επικείμενη σύγκρουση με τους Έλληνες (Ηροδ. 8, 134). Επιπλέον, η σύγκριση των αναφορών του Αριστοφάνη (Νεφέλες, στ. 506-508) με εκείνη του Παυσανία τον 2ο αι. μ.Χ. (ΙΧ 39, 3-14), η περιγραφή του οποίου είναι αποδεδειγμένα η πληρέστερη γνωστή για οποιοδήποτε αρχαίο ελληνικό μαντείο, δείχνει ότι το σύνθετο τελετουργικό που ακολουθούταν εκεί ήταν αρκετά πρώιμο, αλλά και ότι το μαντείο και η λειτουργία του ελάχιστα εξελίχθηκαν ανά τους αιώνες, μέχρι την εγκατάλειψή τους στην πρώιμη χριστιανική περίοδο, πιθανώς τον 4ο αι. μ.Χ. Ο Πλούταρχος μάλιστα αναφέρει ότι στις ημέρες του (1ος-2ος αι. μ.Χ.) το Τροφώνειο ήταν το μόνο από τα βοιωτικά μαντεία που είχε επιβιώσει, καθώς εκείνα του Αμφιάραου στη Θήβα και του Απόλλωνα στο Πτώον και την Τεγύρα είχαν ήδη εγκαταλειφθεί (Περί των εκλελειπότων Χρηστηρίων, 5).

 

Αναφορικά με τις μυθολογικές παραδόσεις που ήταν γνωστές στην αρχαιότητα για τον Τροφώνιο, αυτός και ο αδελφός του Αγαμήδης ήταν γιοι του θεού Απόλλωνα. Κατά μια άλλη όμως εκδοχή του μύθου, την οποία αναφέρει ο Παυσανίας, τα δυο αδέλφια είχαν πατέρα το βασιλιά του Ορχομενού Εργίνο. Αυτός, σε προχωρημένη ηλικία και χωρίς παιδιά, ζήτησε χρησμό από το μαντείο των Δελφών. Με βάση τη συμβουλή του δελφικού ιερού – στο γεροντικό ιστοβοέα του αλετριού σου βάλε καινούρια κεφαλή – ο Εργίνος πήρε νέα γυναίκα και με εκείνη απέκτησε δύο γιούς, τον Τροφώνιο και τον Αγαμήδη. Αυτοί είναι οι θρυλικοί τεχνίτες που κατασκεύασαν το ναό του Απόλλωνα στους Δελφούς, το σπίτι του Αμφιτρύωνα και της Αλκμήνης στη Θήβα, καθώς και το θησαυροφυλάκιο του Υριέα στην πόλη Υρία στην περιοχή της Τανάγρας, στη Βοιωτία. Εκεί μάλιστα τοποθέτησαν έναν από τους λίθους κατά τέτοιο τρόπο, ώστε αυτοί να μπορούν να τον αφαιρούν απέξω χωρίς τίποτα να γίνεται αντιληπτό. Με τον τρόπο αυτό εισέρχονταν κρυφά στο θησαυροφυλάκιο και αφαιρούσαν τους θησαυρούς που εναπέθετε εκεί ο Υριεύς. Εκείνος απόρησε και βρέθηκε σε αμηχανία βλέποντας τις κλειδαριές και τις σφραγίδες του θησαυροφυλακίου ανέπαφες στη θέση τους και τους θησαυρούς του συνεχώς να λιγοστεύουν. Αποφάσισε έτσι να στήσει παγίδες. Σ’ αυτές πιάστηκε ο Αγαμήδης, του οποίου το κεφάλι έκοψε ο Τροφώνιος για να τον απαλλάξει από τα επερχόμενα βασανιστήρια, αλλά και για να μην προδοθεί και ο ίδιος. Αυτόν, η παράδοση έλεγε, πως άνοιξε η γη και τον κατάπιε στο ιερό άλσος του στη Λιβαδειά.

 

Ο Παυσανίας αναφέρει και την παράδοση για την ίδρυση του μαντείου. Σύμφωνα με αυτή, το μαντείο του Τροφωνίου στη Λιβαδειά ήταν άγνωστο στους Βοιωτούς, ώσπου σε καιρό ανομβρίας απεσταλμένοι βοιωτικών πόλεων επισκέφθηκαν το μαντείο του Απόλλωνα στους Δελφούς για να λάβουν χρησμό. Εκεί η Πυθία τους παρέπεμψε στον Τροφώνιο για να τους δώσει τη λύση. Οι απεσταλμένοι πήγαν στη Λιβαδειά, αλλά δεν μπορούσαν να εντοπίσουν το μαντείο, ώσπου ένας από τους αντιπροσώπους του Ακραιφνίου, ονομαζόμενος Σάων, είδε σμήνος μελισσών και το ακολούθησε. Αυτό τον οδήγησε στο άντρο του Τροφωνίου, ο οποίος τον μύησε στη λατρεία που έπρεπε να εγκαθιδρυθεί στο χώρο αυτό.