Από το κάποτε ακμάζον ιερό τέμενος και μαντείο του Τροφωνίου δεν έχει σωθεί σχεδόν τίποτα, παρά μερικές μόνο κόγχες που ήταν λαξευμένες στο βράχο του φαραγγιού της Έρκυνας, στους πρόποδες του υψώματος του μεσαιωνικού φρουρίου, για την τοποθέτηση αναθημάτων. Εκτός από αυτές, λαξευμένο στο βράχο είναι και ένα μικρό ορθογώνιο δωμάτιο, με χαμηλούς λαξευτούς πάγκους κατά μήκος των μακρών πλευρών του, όπου θα μπορούσαν να καθίσουν άτομα που λάμβαναν μέρος σε κάποια ιεροπραξία. Ίσως πρόκειται για τη σπηλιά των πηγών της Έρκυνας, πλάι στην οποία ο Παυσανίας αντίκρισε τα αγάλματα του Τροφωνίου και της Έρκυνας που έμοιαζαν στον Ασκληπιό και την Υγεία. Η αλλοίωση του τοπίου λόγω της οικοδόμησης του μεσαιωνικού φρουρίου, που χρησιμοποίησε το σύνολο σχεδόν του υλικού των παλαιών κτισμάτων είναι τέτοια, ώστε όλες οι παλαιότερες και νεώτερες ανασκαφικές ή τοπογραφικές προσπάθειες για την ανεύρεση του ναού και του μαντείου του Τροφωνίου να αποβούν άκαρπες. Για τον ίδιο επίσης λόγο, ό, τι κατά καιρούς περισώθηκε από την περιοχή των πηγών της Έρκυνας οφείλεται στη σύμπτωση τυχαίων παραγόντων. Κυρίως πρόκειται για αγάλματα πεπλοφόρων γυναικών που πιθανολογείται ότι απεικονίζουν θεότητες ή άλλες μορφές της τοπικής λατρείας. Σήμερα φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χαιρώνειας. Ένα από αυτά, λαξευμένο σε ντόπιο βοιωτικό μάρμαρο, χρονολογείται στο β΄ μισό 4ου αι. π.Χ. και πιθανώς αποδίδει τη θεά Δήμητρα-Ευρώπη.
Ανασκαφές και ευρήματα > Ιερό άλσος και μαντείο Τροφωνίου > Ευρήματα
Το σημαντικότερο, ωστόσο, εύρημα από το χώρο αυτό είναι ένα αναθηματικό ανάγλυφο στον Τροφώνιο που βρέθηκε το 1931 στην κοίτη της Έρκυνας και χρονολογείται ανάμεσα στο γ΄ τέταρτο του 4ου και τον 3ο αι. π.Χ. Σ’ αυτό εικονίζονται 16 μορφές θεοτήτων και λατρευτών. Από τα αριστερά διακρίνεται η καθιστή σε θρόνο Κυβέλη και η Περσεφόνη που οδηγεί μορφή με πέπλο και καλυμμένο πρόσωπο, ίσως κάποια χρηστηριαζόμενη. Ακολουθούν κρατώντας πυρσούς ο Διόνυσος-Ζαγρεύς, ο Παν και η Εκάτη. Ο Τροφώνιος, γενειοφόρος, κρατά κέρας αφθονίας και δεσπόζει στο κέντρο της σκηνής, μπροστά σε τράπεζα με προσφορές. Στη συνέχεια εικονίζονται τρεις Κουρήτες με κράνη και ασπίδες, οι Διόσκουροι, που φορούν πίλο και χλαμύδα, και τέσσερις λάτρεις σε μικρότερο μέγεθος, ίσως η οικογένεια των αναθετών (Αθήνα, Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο).
Άλλα σημαντικά ευρήματα προέρχονται από ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν στην πόλη της Λιβαδειάς. Πρόκειται αρχικά για άγαλμα Κυβέλης που χρονολογείται στον 2ο αι. μ.Χ. και αντιγράφει πρωτότυπο έργο του Αγοράκριτου, μαθητή του Φειδία, για το Μητρώο της Αθήνας. Η θεά παριστάνεται καθιστή σε θρόνο και πατά σε υποπόδιο, το οποίο φέρει επιγραφή που αποδίδει το έργο στον Αθηναίο γλύπτη Ερμεία, γιο του Ανθεστηρίου. Το άγαλμα, που είναι αφιέρωμα της Σωσίκλειας, ιέρειας της θεάς, εκτίθεται σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χαιρώνειας (MX 10). Στο ίδιο Μουσείο ο επισκέπτης μπορεί να δει και ένα μοναδικό εύρημα των ρωμαϊκών χρόνων (1ος αι. π.Χ. – 1ος αι. μ.Χ.) από τη Λιβαδειά, έναν σφαιρικό λίθο με προσωποποιημένες παραστάσεις Ηλίου και Σελήνης (MX 275). Τέλος, από τη Λιβαδειά προέρχονται ορισμένες αναθηματικές επιγραφές που αναφέρονται στον Τροφώνιο, ενίοτε ως Δία Τροφώνιο, οι οποίες θα ήταν αρχικά στημένες στο ιερό του τέμενος και αποσπάστηκαν από εκεί για να χρησιμοποιηθούν ως οικοδομικό υλικό σε κτήρια της πόλης.
