Στην περίοδο που εξετάζουμε ο Ελληνισμός της Θράκης και της Ανατολικής Ρωμυλίας πλήγηκε συστηματικά τόσο από τους Βουλγάρους όσο και μετά το 1908 από τους Νεότουρκους.

Επιπλέον, στα χρόνια αυτά η Θράκη αποτέλεσε ένα από τα αντικείμενα του διεθνούς διπλωματικού παιχνιδιού.

Τον Ιούλιο και τον Αύγουστο του 1906 σημειώθηκε ο μεγάλος διωγμός των Ελλήνων της ανατολικής Ρωμυλίας. Συλλαλητήρια ενόπλων και σφοδρές ανθελληνικές εκδηλώσεις γρήγορα εξελίχτηκαν σε διαρπαγές, πυρπολήσεις και βανδαλισμούς όχι μόνο στη Φιλιπούπολη, κέντρο των ταραχών, αλλά και στον Πύργο, τη Στενήμαχο, την Αγχίαλο και αλλού. Από το Σεπτέμβριο του 1906 οι Έλληνες της περιοχής κατέφευγαν πρόσφυγες στην Ελλάδα και στην ανατολική Θράκη, ενώ όσοι παρέμειναν εκβουλγαρίστηκαν.
Το Μάιο του 1914 καινούργιοι διωγμοί ολοκλήρωσαν τον αφανισμό του 1906. Με ιδιαίτερη ελληνοβουλγαρική σύμβαση στο πλαίσιο της συνθήκης του Νεϊγύ (1919) αποφασίστηκε η εθελοντική ανταλλαγή πληθυσμών ανάμεσα στις δύο χώρες. Με βάση αυτή τη σύμβαση, οριστικοποιήθηκε το τέλος της παρουσίας του Ελληνισμού στην Ανατολική Ρωμυλία.

Από το 1900 ένοπλα βουλγαρικά σώματα με ορμητήριο τις βουλγαρόφωνες περιοχές του Μπουνάρ-Χισάρ και των Σαράντα Εκκλησιών άρχισαν μικροεπιδρομές στα ελληνικά κέντρα. Οι βούλγαροι κομιτατζήδες επιδίωκαν τον εκβουλγαρισμό των ελληνικών πληθυσμών με τη βία και τον εκφοβισμό τους μέχρι το 1911, οπότε και σταμάτησε η δράση τους.

Στο μεταξύ οργανώθηκε από την Αθήνα σχέδιο προστασίας των Ελλήνων της Θράκης και αφύπνισης της εθνικής τους συνείδησης από αξιωματικούς που στάλθηκαν εκεί ως δάσκαλοι ή ως πράκτορες, εμπορικοί ή ασφαλιστικοί. Αντιστασιακή δράση στη Θράκη ανέπτυξαν ο Γεώργιος Κονδύλης και ο Στυλιανός Γονατάς. Στις αρχές του 1908 συστήθηκε η "Πανελλήνιος Οργάνωσις" με έδρα την Αθήνα και σκοπό την οργάνωση αντίστασης όχι μόνο στη Θράκη αλλά σε όλο τον υπόδουλο Ελληνισμό. Την ίδια εποχή ιδρύθηκε στην Κωνσταντινούπολη η "Πολιτική Οργάνωσις" με πρωτεργάτες το γραμματέα της ελληνικής πρεσβείας στην Κωνσταντινούπολη Ίωνα Δραγούμη, το λοχαγό Αθανάσιο Σουλιώτη-Νικολαϊδη και το βουλευτή Γιώργο Μπούσιο, η οποία συνεργάστηκε με τις επιτροπές της "Πανελλήνιας Oργανώσεως". Ο Στυλιανός Γονατάς ανέλαβε τη διεύθυνση του θρακικού τμήματος της Oργάνωσης και με όπλα που στάλθηκαν εκεί αντιμετωπίστηκαν δυναμικά οι ομάδες των βουλγάρων κομιτατζήδων.

Ο σλαβικός κίνδυνος ενέπνευσε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία πολιτική φιλίας προς τους Έλληνες.

Έτσι σε γενικές γραμμές η θέση των Ελλήνων της Θράκης αυτή την εποχή ήταν καλή. Με την επανάσταση των Νεότουρκων οι Έλληνες της Θράκης, όπως όλοι οι Έλληνες της αυτοκρατορίας, έλπιζαν στη βελτίωση της θέσης τους πιστεύοντας στις διακηρύξεις για ισότητα και αδελφότητα. Γρήγορα όμως διαψεύστηκαν, αφού τα μέτρα των Νεότουρκων εναντίον των ελληνικών κοινοτήτων έθιγαν πολλά από τα προνόμιά τους.

Η οικονομία της Θράκης (γεωργοκτηνοτροφική παραγωγή και εμπορική δραστηριότητα) πλήττεται από τη βαριά φορολογία και τους πολέμους αυτή την εποχή. Κατά τη διάρκεια του Α' Παγκόσμιου Πολέμου και με το πρόσχημα της "στρατιωτικής ασφάλειας" των τουρκικών πόλεων μεγάλο μέρος του πληθυσμού της ανατολικής Θράκης, όπως άλλωστε και της δυτικής Μικρασίας και του Πόντου, εκτοπίζεται προς τη μικρασιατική ενδοχώρα. Πολλοί από αυτούς θα αναγκαστούν να εκτουρκιστούν, καθώς βρίσκονταν πια μακριά από το Πατριαρχείο και χωρίς ελληνικά σχολεία. Μεγάλο άλλωστε ποσοστό του αντρικού πληθυσμού εξοντώθηκε στα "αμελέ ταμπουρού", τα τάγματα εργασίας. Πολλοί μετακινήθηκαν ήδη από τότε ως πρόσφυγες στην Ελλάδα.

Στο πλαίσιο της Μικρασιατικής Εκστρατείας η Θράκη καταλαμβάνεται από τα ελληνικά στρατεύματα. Θα ακολουθήσει και αυτή την τελική τύχη του υπόλοιπου Ελληνισμού της Ανατολής με την Καταστροφή. Η δυτική Θράκη όμως συμπεριλήφθηκε στο ελληνικό κράτος.