Κατά την πενταετία 1823-27 οι διάφορες πολιτικές ομάδες και φατρίες είχαν επιδοθεί σ' έναν ατέρμονο πολιτικό ανταγωνισμό, ο οποίος έπαιρνε κάποτε και τη μορφή της ένοπλης σύγκρουσης. Το κατακερματισμένο πολιτικό πεδίο και ο συγκυριακός χαρακτήρας των πολιτικών συμμαχιών δεν επέτρεπαν στους εκάστοτε νικητές να επιβάλουν την κυριαρχία τους με όρους σταθερότητας. Η πολιτική ρευστότητα ευνοούσε τις αλλεπάλληλες ανατροπές των συσχετισμών δύναμης. Εκτός των άλλων η κατάσταση αυτή έπληττε τη διαπραγματευτική ικανότητα της ελληνικής πλευράς σε μια εποχή (1827) που η Αγγλία και η Ρωσία φαίνονταν να αναζητούν, καθεμιά για τους δικούς της λόγους, μια ευνοϊκή ρύθμιση για τους επαναστατημένους Έλληνες. Στις συνθήκες αυτές η ομόφωνη επιλογή του Καποδίστρια ως Κυβερνήτη στη διάρκεια των εργασιών της Γ' Εθνοσυνέλευσης είχε να κάνει με την εμπειρία του ως διπλωμάτη. Η θητεία του στην κορυφή του ρωσικού Υπουργείου Εξωτερικών, και μάλιστα σε μια εποχή (1815-22) που η "τέχνη της διπλωματίας" έφτασε σε υψηλά επίπεδα, φανέρωνε ότι διέθετε τα προσόντα για να διεκπεραιώσει με επιτυχία τους σύνθετους και λεπτούς διπλωματικούς χειρισμούς που απαιτούσε η προώθηση των ελληνικών διεκδικήσεων. Οι πολιτικές ομάδες και φατρίες που τον επέλεξαν είχαν ανάγκη από το διπλωμάτη Καποδίστρια. Έτσι, κατά τη διαμόρφωση του συντάγματος της Τροιζήνας φρόντισαν, ώστε το έργο του Κυβερνήτη να υπόκειται στον έλεγχο της Βουλής, η οποία με τη σειρά της ελεγχόταν από τους ίδιους.

Χρησιμοποιώντας το κύρος και τη φήμη που τον περιέβαλαν και αιφνιδιάζοντας ίσως τις πολιτικές ομάδες και φατρίες, ο Καποδίστριας πέτυχε από τις πρώτες εβδομάδες την αναστολή του συντάγματος, την αυτοδιάλυση της Βουλής και τη συγκέντρωση όλης της εξουσίας στο πρόσωπο του Κυβερνήτη. Πέτυχε δηλαδή να περιθωριοποιήσει όλους τους πολιτικούς παράγοντες, τοποθετώντας τους συνήθως σε θέσεις με συμβουλευτικό χαρακτήρα. Ταυτόχρονα, προώθησε ανθρώπους της εμπιστοσύνης του, ορισμένους συγγενείς και πρόσωπα επτανησιακής και μάλιστα κερκυραϊκής καταγωγής. Ωστόσο, η πραγματική εξουδετέρωση των πολιτικών παραγόντων δε θα πραγματοποιούνταν, αν δεν πλήττονταν οι αιτίες τις πολιτικής τους ενδυνάμωσης. Στην κατεύθυνση αυτή προχώρησε σε μια ευρεία διοικητική ανασυγκρότηση καταργώντας τα προνόμια και την αυτοδιοίκηση των επαρχιών και θέτοντας τα όργανα της επαρχιακής διοίκησης υπό τον έλεγχο της κεντρικής εξουσίας. Τέθηκαν έτσι οι βάσεις για τη συγκρότηση ενός ισχυρού συγκεντρωτικού κρατικού μηχανισμού, κατά τα πρότυπα των σύγχρονων δυτικών κρατών. Η πολιτική του ωστόσο προκάλεσε τη δυσαρέσκεια των προεπαναστατικών (μοραΐτες και νησιώτες προύχοντες, οπλαρχηγοί) και των νεοπαγών (Κωλέττης, Μαυροκορδάτος) πολιτικών παραγόντων που σταδιακά συσπειρώθηκαν με στόχο την ανατροπή της.