Όπως φάνηκε από τις πρώτες εβδομάδες που ακολούθησαν την έλευση του Καποδίστρια, βασικός του στόχος υπήρξε η δημιουργία ενός ισχυρού κρατικού μηχανισμού. Η διοργάνωση αποτελεσματικής διοίκησης θα βοηθούσε την ανόρθωση της οικονομίας που είχε πληγεί από τις μακροχρόνιες πολεμικές επιχειρήσεις. Οι πόροι από τη φορολογία και τα εξωτερικά δάνεια θα τύγχαναν ορθολογικής διαχείρισης και δε θα χρησιμοποιούνταν για τον προσεταιρισμό πολιτικών συμμάχων από τις κάθε φορά πολιτικά κυρίαρχες φατρίες. Παράλληλα, μια συγκεντρωτική και κυρίαρχη εκτελεστική εξουσία θα προωθούσε αποτελεσματικότερα τις διεκδικήσεις της ελληνικής πλευράς τόσο στο ζήτημα των συνόρων όσο και της μορφής (ανεξαρτησία αντί αυτονομίας) του μελλοντικού ελληνικού κράτους.

Για να τα πετύχει αυτά ο Καποδίστριας διεκδίκησε και πέτυχε τη συγκέντρωση της εκτελεστικής και της νομοθετικής εξουσίας στο πρόσωπό του. Παράλληλα αποστασιοποιήθηκε, στην αρχή τουλάχιστον, από τις διάφορες φατρίες, ο πολιτικός ανταγωνισμός των οποίων είχε αποδιοργανώσει τα όργανα και τις λειτουργίες της κεντρικής διοίκησης. Οι αλλαγές που επιχείρησε στην οργάνωση και στη λειτουργία της επαρχιακής διοίκησης ήταν η πρώτη συστηματική παρέμβαση στην κατέυθυνση της δημιουργίας ενός σύγχρονου κράτους. Πρωταρχική του μέριμνα υπήρξε η κατάργηση της επαρχιακής αυτονομίας, από την οποία αντλούσαν την οικονομική τους δύναμη και την κοινωνικοπολιτική τους ισχύ οι παραδοσιακές αλλά και οι νεοπαγείς εξουσιαστικές ομάδες της ελληνικής κοινωνίας. Ο αριθμός των επαρχιών μειώθηκε, ενώ τα όργανα της επαρχιακής διοίκησης και τα πρόσωπα που τα στελέχωναν υπάχθηκαν στον έλεγχο της κεντρικής εξουσίας. Τα μέτρα αυτά που περιλαμβάνονται στις αιτίες της ρήξης του Καποδίστρια με τις ηγετικές ομάδες της ελληνικής κοινωνίας υπήρξαν, τουλάχιστον στις βασικές τους γραμμές, παρόμοια με εκείνα που υιοθετήθηκαν από την Αντιβασιλεία και τον Όθωνα μερικά χρόνια αργότερα.

Απαραίτητη προϋπόθεση για τη συγκρότηση σύγχρονου κράτους ήταν η δημιουργία στρατού ελεγχόμενου από την κεντρική διοίκηση. Η αναδιοργάνωση των άτακτων σωμάτων της επαναστατικής περιόδου σε ημιτακτικούς σχηματισμούς προχώρησε παρά τις αντιδράσεις. Αυτές προέρχονταν από τους χώρους των ενόπλων που είχαν δει την οικονομική και πολιτική ισχύ τους να αυξάνεται στα χρόνια της επανάστασης. Τα ένοπλα σώματα οργανώθηκαν αρχικά σε Χιλιαρχίες και κατόπιν αναδιοργανώθηκαν σε Ελαφρά Τάγματα. Και στις δύο φάσεις περιορίστηκε δραστικά (στο 1/4 περίπου) ο αριθμός των ενόπλων και αποστρατεύτηκαν αρκετοί επιφανείς οπλαρχηγοί. Στον τομέα της οικονομίας, εμπόδιο στάθηκε η μη χορήγηση εξωτερικού δανείου. Έτσι, η ανασύνταξη της οικονομίας δεν επιτεύχθηκε, καθώς οι πενιχροί εγχώριοι πόροι δε στάθηκε δυνατό να στηρίξουν το φιλόδοξο πρόγραμμα του Kαποδίστρια. Σημαντική ωστόσο υπήρξε η καταπολέμηση της πειρατείας, γεγονός που απελευθέρωσε τους θαλάσσιους δρόμους και έκανε δυνατή την επαναδραστηριοποίηση του εμπορίου και της ναυτιλίας.