Στη διάρκεια της Επανάστασης ο οθωμανικός στόλος χρησιμοποιήθηκε κυρίως επικουρικά στις εκστρατείες που διεξάγονταν στην Πελοπόννησο και τη Ρούμελη. Η μεταφορά στρατευμάτων, ο εφοδιασμός των οθωμανικών φρουρίων και ο θαλάσσιος αποκλεισμός των πολιορκούμενων στάθηκαν σε γενικές γραμμές οι επιχειρήσεις στις οποίες προέβαινε. Η επιχειρησιακή αυτή τακτική υποδεικνύει ότι προτεραιότητα για την Οθωμανική Αυτοκρατορία υπήρξε η καταστολή της επανάστασης στη στεριά. Tα νησιά του Αιγαίου δεν υπήρξαν συστηματικός στόχος. Eξαίρεση αποτέλεσαν οι επιχειρήσεις ενάντια στη Σάμο (1821 και 1824) που αποκρούστηκαν από τις ελληνικές δυνάμεις αλλά και η κατάληψη της Χίου στα 1822 και αργότερα, στα 1824, της Κάσου και των Ψαρών που οδήγησαν σε εκτεταμένες σφαγές, λεηλασίες και καταστροφές στα νησιά αυτά.

Παρά τις προσπάθειες που καταβλήθηκαν από διακεκριμένους Χιώτες όπως ήταν ο Θεόφιλος Καΐρης να κηρυχτεί η επανάσταση και στο νησί τους την άνοιξη του 1821, κάτι τέτοιο δεν κατέστη δυνατό. Την επόμενη χρονιά στράφηκαν στη Σάμο και στο Λυκούργο Λογοθέτη ζητώντας τη βοήθειά του. Πράγματι, το Μάρτιο του 1822 οργανώθηκε κοινό εκστρατευτικό σώμα που κατέλαβε αιφνιδιαστικά τη Χίο υποχρεώνοντας τις οθωμανικές δυνάμεις που βρίσκονταν στο νησί να κλειστούν στο φρούριο. Την ίδια εποχή ο οθωμανικός στόλος έβγαινε από τα Δαρδανέλια και εγκαινίαζε τις επιχειρήσεις της χρονιάς αυτής με την προσβολή της Χίου. Στις 30 Μαρτίου χιλιάδες οθωμανοί ένοπλοι αποβιβάστηκαν εύκολα στο νησί, καθώς καμιά ενέργεια προστασίας του δεν είχε γίνει από ελληνικής πλευράς. Mερικά πλοία από τα Ψαρά που βρίσκονταν στην περιοχή παρακολούθησαν από απόσταση τις κινήσεις του οθωμανικού στόλου. Έντρομοι οι κάτοικοι εγκατέλειψαν την πόλη και κατέφυγαν σε ορεινά σημεία και μοναστήρια, ενώ οι Σαμιώτες έσπευσαν να επιστρέψουν στο νησί τους. Τις επόμενες ημέρες έλαβε χώρα μια γενικευμένη επιχείρηση σφαγών, λεηλασιών και καταστροφών. Από τους εκατό περίπου χιλιάδες που υπολογίζεται ότι κατοικούσαν στη Χίο την εποχή εκείνη, το ένα τρίτο σφαγιάστηκε ή αιχμαλωτίστηκε, ενώ παρά πολλοί διέφυγαν με πλοία στη Σύρο κατά πρώτο λόγο, στα Ψαρά, στην Πελοπόννησο και αλλού. Η βιαιότητα που επέδειξε ο επικεφαλής του οθωμανικού στόλου (καπουδάν πασάς) Καρά Αλή -που λίγες μέρες αργότερα βρήκε το θάνατο, όταν ο Kωνσταντίνος Kανάρης ανατίναξε στα ανοιχτά της Xίου τη ναυαρχίδα του οθωμανικού στόλου- προκάλεσε αποτροπιασμό στις ευρωπαϊκές πρωτεύουσες και έδωσε νέα ώθηση στο φιλελληνικό κίνημα, που είχε ατονήσει μετά τη σφαγή των μουσουλμάνων της Τριπολιτσάς το Σεπτέμβριο του 1821.

Δύο και πλέον χρόνια μετά την καταστροφή της Χίου, στα τέλη Μαΐου 1824, ο αιγυπτιακός στόλος αποβίβασε εύκολα στην Κάσο χιλιάδες ενόπλους που τις προηγούμενες ημέρες είχαν επιτυχώς πλήξει και τους τελευταίους επαναστατικούς πυρήνες στην Κρήτη. Η Κάσος, στην οποία είχαν καταφύγει αρκετοί επαναστάτες Κρητικοί, είχε αφεθεί αβοήθητη. Oι εμφύλιες συγκρούσεις στην Πελοπόννησο είχαν παραλύσει κάθε άλλη δραστηριότητα της ελληνικής Διοίκησης. Παρά την αντίσταση που προέβαλαν οι Κάσιοι δεν κατάφεραν να απωθήσουν τις αιγυπτιακές δυνάμεις, που μέσα σε λίγες μέρες κυρίευσαν το νησί προβαίνοντας σε συστηματικές σφαγές και λεηλασίες. Ο ελληνικός στόλος που μόλις στα μέσα Ιουνίου αναχώρησε για την Κάσο βρισκόταν εκατοντάδες μίλια μακριά από τα Ψαρά, τα οποία προσέγγισε ο οθωμανικός στόλος στο τελευταίο δεκαήμερο του Iουνίου. H σθεναρή αντίσταση των ντόπιων και των προσφύγων από τη Xίο, τα Mοσχονήσια και τα μικρασιατικά παράλια (υπολογίζονται σε περισσότερους από 20.000) δεν απέτρεψε την απόβαση και κατάληψη του νησιού που είχε την τύχη της Xίου και της Kάσου. Περισσότεροι από τους μισούς κατοίκους και τους πρόσφυγες σκοτώθηκαν ή αιχμαλωτίστηκαν, ενώ ένα μεγάλο κύμα προσφύγων κατευθύνθηκε στις Σπέτσες και σε νησιά των Kυκλάδων.