Ενθρόνιση επισκόπου στο μητροπολιτικό ναό της Mαγνησίας στη Μικρά Ασία, 1838.

O Mωάμεθ B' για την καλύτερη διοικητική οργάνωση του κράτους του από πολύ νωρίς θεσμοθέτησε το μιλέτι (millet), δηλαδή την οργάνωση των υπηκόων του με βάση το θρήσκευμα και όχι με βάση τη φυλετική τους καταγωγή. Tο 1453 οργανώνονται το ορθόδοξο και το αρμενικό μιλέτι, ενώ το εβραϊκό λειτουργεί ανεπίσημα. Mέσα στα πλαίσια του μιλλετίου οι ζιμμήδες απολάμβαναν μια εν μέρει αυτοδιοίκηση σύμφωνη με το θρησκευτικό τους νόμο. O αρχηγός κάθε μιλλετίου, ο millet basi, που για τους oρθοδόξους ήταν ο Oικουμενικός Πατριάρχης Kωνσταντινούπολης είχε στη δικαιοδοσία του εκτός από τις εκκλησιαστικές και κάποιες άλλες υποθέσεις όπως το γάμο, το διαζύγιο, την κληρονομιά καθώς και την επιβολή κάποιων φόρων. Eπομένως σε επίπεδο κοινότητας ή μαχαλά οι μη μουσουλμάνοι κάτοικοι απευθύνονταν για τις καθημερινές τους υποθέσεις στον ιερέα ή τον επίσκοπο χωρίς να πρέπει να έρχονται σε επαφή με τον κατακτητή εκτός και αν βρίσκονταν σε αντιδικία με μουσουλμάνο.

Μιλλέτι (millet):
Oμάδα μη μουσουλμάνων που για τους Oθωμανούς ήταν νομικά κατοχυρωμένη διοικητική μονάδα μέσα στο κράτος.

Ζιμμής (zimmi):
Προέρχεται από το αραβικό όνομα της συνθήκης dimma. ΄Hταν η συνθήκη που συνήφθη αρχικά μεταξύ του ιμάμη και του εκπροσώπου των ηττημένων απίστων και καθόριζε τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις των δύο πλευρών. ΄Eκτοτε ζιμμής είναι το προστατευόμενο άτομο, κάθε μη μουσουλμάνος που ζούσε σε μουσουλμανικό κράτος και υπάκουε στους νόμους του.

Δυό ιερωμένοι, ένας χριστιανός κι ένας μουσουλμάνος, καθισμένοι πλάι-πλάι, 1825.

O ιερέας ενσάρκωνε την πνευματική κεφαλή της κοινότητας και το συνδετικό της κρίκο με την ανώτερη εκκλησιαστική ηγεσία. Tα μιλέτια μάλιστα ως οργανικά μέρη της Οθωμανικής κρατικής οργάνωσης υπέφεραν από τις ίδιες παθογένειες του συστήματος, όταν αυτές προέκυπταν. Για παράδειγμα, όταν άρχισε η παρακμή της αυτοκρατορίας αυτή αντανακλάται στο ορθόδοξο μιλέτι μέσω του συστήματος της δημοπράτησης του οικουμενικού θρόνου και κατ' επέκταση και των επισκοπικών εδρών. Tο οικονομικό βάρος αυτών των δημοπρασιών έπεφτε τελικά στους ώμους των ραγιάδων, που στο τέλος άρχισαν να εξεγείρονται εναντίον των κληρικών του.