Ένα από τα μεγάλα προβλήματα που προέκυψαν κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Θεοδοσίου ήταν οι καταστροφικές επιδρομές των Γότθων. Ο αυτοκράτορας σύναψε μαζί τους ειρήνη, επιτρέποντας στους Οστρογότθους να εγκατασταθούν στην Παννονία (τη σημερινή Ουγγαρία) και στους Βησιγότθους στην Κάτω Μοισία (τη σημερινή Βόρεια Βουλγαρία). Στα εδάφη αυτά απολάμβαναν πλήρη φορολογική απαλλαγή και αυτονομία και υποχρεούνταν να συμμετέχουν στην άμυνα του κράτους στην περιοχή τους. Με τον τρόπο αυτό οι Γότθοι διείσδυσαν στην αυτοκρατορία, γεγονός, του οποίου οι συνέπειες φάνηκαν αργότερα.

Σε ό,τι αφορά στη θρησκευτική πολιτική του, ο Θεοδόσιος Α' υπήρξε ένθερμος υποστηρικτής του Χριστιανισμού, πράγμα στο οποίο οφείλεται και ο χαρακτηρισμός του ως Μέγας. Ήδη από το 380 είχε ορίσει με διάταγμα το Χριστιανισμό ως επίσημη θρησκεία του κράτους. Συγκάλεσε τη Β' Οικουμενική Σύνοδο το 381 στην Κωνσταντινούπολη, όπου καταδίκασε τις αιρέσεις, συμπλήρωσε και επικύρωσε το Σύμβολο της Πίστεως. Έλαβε επίσης αυστηρά μέτρα εναντίον των ειδωλολατρών και των αιρετικών. Με τις αποφάσεις του σχετίζεται η καταστροφή πολλών αρχαίων ναών καθώς και η απαγόρευση όλων των εκδηλώσεων που θεωρούνταν ειδωλολατρικές, ανάμεσά τους και των Oλυμπιακών Αγώνων.

Στην εσωτερική πολιτική του ο Θεοδόσιος ενίσχυσε την τάξη των βουλευτών καθώς και τη δύναμη των κρατικών υπαλλήλων, που ωστόσο, όπως φαίνεται από τη νομοθεσία της εποχής, χαρακτηρίζονταν από διαφθορά. Προσπάθησε να περιορίσει τη δύναμη των μεγαλογαιοκτημόνων προς όφελος των φτωχών γεωργών. Οι αυξημένες δαπάνες του κράτους λόγω της πολυδάπανης ζωής, αλλά και των φυσικών καταστροφών, των βαρβαρικών επιδρομών και της πολιτικής του αυτοκράτορα ως προς τους Γότθους, οδήγησαν σε σκληρή φορολογική πολιτική που προκάλεσε όχι μόνο δυσβάσταχτο βάρος στους φορολογούμενους αλλά και αγανάκτηση. Κατά καιρούς ξέσπασαν ταραχές και επαναστάσεις που ο αυτοκράτορας κατάφερε να καταστείλει, αρκετές φορές με βίαιο τρόπο. Οι εξεγέρσεις στην Αντιόχεια αλλά και την Αλεξάνδρεια ήταν ενδεικτικές της κατάστασης.

Τον Ιανουάριο του 395 εξασθενημένος σωματικά και ψυχικά ο Θεοδόσιος αρρώστησε και πέθανε.