Από τις πινακίδες των ανακτορικών αρχείων συλλέγονται πλούσιες μαρτυρίες για τα τοπωνύμια της Εποχής του Χαλκού. Τα τοπωνύμια χρησιμοποιούνταν στα μυκηναϊκά κείμενα για να δείξουν την προέλευση των ανθρώπων και των αγαθών που διακινούνταν στα ανακτορικά κέντρα. Στις πινακίδες της Κνωσού περιέχονται περίπου εκατό ονομασίες οικισμών και στις πινακίδες της Πύλου γύρω στις εκατόν εξήντα. Oι ειδικοί ερευνητές προσπαθούν να ταυτίσουν τα μυκηναϊκά τοπωνύμια με συγκεκριμένες θέσεις. Η έρευνα αυτή είναι δυνατόν να οδηγήσει σε λάθος συμπεράσματα, εφόσον και στους μυκηναϊκούς χρόνους θα μπορούσε, όπως και κατά την Αρχαιότητα, πολλές θέσεις να έχουν το ίδιο τοπωνύμιο.

Βάσει των πινακίδων της Πύλου, γνωρίζουμε ότι η Μεσσηνία ήταν χωρισμένη σε επτά διοικητικές περιφέρειες, την Πίσα, το Ρίο, την Κυπάρισσο, τους Λουσούς, τους Σφαγιάνες και το Νέδωνα. Οι κάτοικοι των περιφερειών αυτών υπάγονταν στον ηγεμόνα της Πύλου. Στην Κρήτη υπήρχε ένα ισχυρό μυκηναϊκό κέντρο στην Κνωσό, το οποίο ασκούσε έλεγχο σ' όλο το νησί μέχρι την κατάρρευση του ανακτόρου, οπότε η εξουσία μοιράστηκε σε πολλές μικρότερες περιφέρειες. Στις πινακίδες της Κνωσού αναγνωρίζονται οι ονομασίες μερικών κρητικών πόλεων, όπως η Κυδωνία, η Λατώ, ο Ίνατος και τα Σύβριτα. Οι ονομασίες αυτές εμφανίζονται με την ίδια ή ελαφρώς παραλλαγμένη μορφή στα αρχαία ελληνικά.

Από γραμματολογική άποψη παρουσιάζει ενδιαφέρον ο τρόπος που εμφανίζονται τα τοπωνύμια στα μυκηναϊκά κείμενα. Για τη δήλωση συγκεκριμενων θέσεων χρησιμοποιούνται τα ίδια επιθήματα που χρησιμοποιήθηκαν και στα τοπωνύμια της αρχαίας ελληνικής γλώσσας. Ελληνικά επιθήματα προστίθενταν ακόμη και σε μη ελληνικά τοπωνύμια, τα οποία έχουν συνήθως κατάληξη σε -so (-σσος) και -to (-νθος), π.χ. aminiso (Αμνισός), konoso (Κνωσός), korito (Κόρινθος), ruso (Λουσός), turiso (Τύλισσος).

Τα τοπωνύμια δηλώνονται με πολλές διαφορετικές καταλήξεις. Χαρακτηριστικές είναι οι καταλήξεις σε -i-jo (ίος και -ία) και -uwa (-υFα) π.χ. rijo (Ρίον) και kudonia (Κυδωνία), σε -ο, π.χ. puro (Πύλος), -ipo, π.χ. Ewiripo (Εύριπος). Οι τοποθεσίες δηλώνονταν συχνά και με ονόματα προσώπων σε γενική πτώση ακολουθούμενες από τη λέξη wowo (όρος), που δήλωνε τα σύνορα μιας περιοχής.