Κατά την Πρωτοκυκλαδική περίοδο (3η χιλιετία π.Χ.) οργανώνονται σε μικρή απόσταση από τους οικισμούς νεκροταφεία, τα οποία περιλαμβάνουν συστάδες τάφων, ο συνολικός αριθμός των οποίων δεν υπερβαίνει τους 15 με 20. Σε ελάχιστες περιπτώσεις ξεπερνούν τους 50 ή τους 100, ενώ στη Χαλανδριανή Σύρου φτάνουν τους 600. Παρά το γεγονός ότι τα περισσότερα γνωστά νεκροταφεία βρέθηκαν συλημένα από αρχαιοκάπηλους, αποτελούν τις σημαντικότερες πηγές γνώσης του Κυκλαδικού πολιτισμού.

Τα νεκροταφεία περιλαμβάνουν κιβωτιόσχημους τάφους με τραπεζιόσχημη κάτοψη και θαλαμοειδείς με κυκλική ή ορθογώνια κάτοψη και οροφή ελαφρά επικλινή ή θολωτή. Οι κιβωτιόσχημοι τάφοι έχουν μήκος 0,8-1,2, πλάτος 0,3-0,5 και βάθος 0,3-0,6 μέτρα. Επενδύονται πλευρικά με μεγάλες λίθινες πλάκες ή μικρές πέτρες και σκεπάζονται με μια ή περισσότερες πλάκες. Είναι κατά κανόνα μονόχωροι και φιλοξενούν ένα νεκρό, ενώ σπανιότερα είναι διώροφοι ή τριώροφοι, προκειμένου να δεχθούν περισσότερους νεκρούς της ίδιας οικογένειας. Στις περιπτώσεις αυτές τα κατώτερα μέρη αποτελούν οστεοφυλάκια, στα οποία φυλάσσονται κυρίως τα κρανία και τα μακρά οστά των προγόνων. Ενδιαφέρουσα παραλλαγή των κιβωτιόσχημων τάφων αποτελούν εκείνοι με την κτιστή στέγη, κατά το εκφορικό σύστημα, οι οποίοι μάλιστα διαθέτουν και δρόμο μήκους 0,5-1,0 μέτρου που οδηγεί στην είσοδό τους. Η θέση των τάφων επισημαίνεται σε μερικά νεκροταφεία με λιθόκτιστες εξέδρες (π.χ. Λάκκουδες Νάξου), ενώ άλλοι οριοθετούνται με πέτρες και λευκά βότσαλα (Άγιοι Ανάργυροι Νάξου). Στο νεκροταφείο των Αγίων Αναργύρων υπήρχε μεγάλη, λιθόκτιστη εξέδρα, στην οποία, σύμφωνα με τα καπελόσχημα αγγεία που βρέθηκαν, διεξάγονταν ταφικές τελετουργίες. Στα τέλη της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου σημειώνεται ενταφιασμός βρεφών και παιδιών εντός των οικισμών, μέσα σε πήλινα αγγεία (εγχυτρισμός).

Οι νεκροί τοποθετούνται απ' ευθείας στο δάπεδο ή σε στρώση από χαλίκια, σε ισχυρά συνεσταλμένη στάση. Για την επίτευξη της στάσης αυτής, που "παγίδευε" το νεκρό μέσα στο μικρό τάφο, χρησιμοποιούνταν πιθανότατα σχοινιά ή ταινίες. Οι νεκροί θα πρέπει να ενταφιάζονταν με τα ενδύματά τους ή να τυλίγονταν σε ύφασμα. Κάτω από το κεφάλι τους τοποθετείται συχνά μια πλάκα, ως προσκέφαλο, ενώ σε κάποιες περιπτώσεις η σωρός σκεπάζεται με πέτρες. Στους νεκρούς προσφέρονται κτερίσματα, ανάλογα με το φύλο, την ηλικία και την κοινωνική τους θέση. Πρόκειται για προσωπικά αντικείμενα, όπως κεραμικά ή μαρμάρινα αγγεία (πυξίδες, φιάλες, πινάκια), μαρμάρινα ειδώλια -σύντροφοι στη μεταθανάτια ζωή- χρωματοθήκες, χρωστικές ύλες, λεπίδες οψιανού (ξυράφια), τριχολαβίδες, λίθινα, οστέινα ή μετάλλινα κοσμήματα (περιδέραια, βραχιόλια, διαδήματα, περόνες) και μπρούντζινα εργαλεία και όπλα.

 
Τύποι πρωτοκυκλαδικών τάφων.
 
Δεσποτικό. Λίθινα κοσμήματα
της Πρωτοκυκλαδικής II περιόδου.