Από τo διάστημα της Πρώιμης Χαλκοκρατίας δεν υπάρχουν καθόλου αρχαιολογικές μαρτυρίες που να συνδέονται με λατρευτικές πρακτικές. Μόνο η παραγωγή των κυκλαδικών ειδωλίων και η τοποθέτησή τους σε τάφους μπορεί να συνδεθεί με κάποιες θρησκευτικές πεποιθήσεις του πληθυσμού και μάλιστα με την τέλεση λατρευτικών εθίμων σε συνδυασμό με έθιμα ταφής.

Τα θρησκευτικά στοιχεία από την περίοδο της Μέσης Χαλκοκρατίας είναι ακόμη λιγότερα, καθώς τότε σταματά και η παραγωγή ειδωλίων. Κατά τη διάρκεια όμως αυτής ακριβώς της περιόδου ιδρύεται το πρωιμότερο ιερό του προϊστορικού Αιγαίου στην Αγία Ειρήνη της Κέας, ένα σημαντικό γεγονός που σηματοδοτεί τη διαμόρφωση των λατρευτικών εθίμων της Ύστερης Χαλκοκρατίας.

Τα λατρευτικά έθιμα στα νησιά του Αιγαίου κατά τις πρώιμες περιόδους της Ύστερης Χαλκοκρατίας μαρτυρούνται εύγλωττα στην πλούσια εικονογράφηση των τοιχογραφιών της Θήρας. Στις παραστάσεις αυτές, οι οποίες αντικατοπτρίζουν όμως περισσότερο τα λατρευτικά έθιμα της μινωικής Κρήτης, απεικονίζονται συχνά μέλη του ιερατείου και λατρευτές σε τελετουργικές πράξεις και τελετές μύησης νεαρών προσώπων.

Από τα μέσα της Ύστερης Χαλκοκρατίας διαθέτουμε ένα πλήθος πληροφοριών σχετικών με τη λατρεία, οι οποίες προέρχονται κυρίως από τις ώριμες φάσεις χρήσης του ιερού της Αγίας Ειρήνης και από το ιερό της Φυλακωπής στη Μήλο. Τα δύο αυτά νησιωτικά ιερά πλουτίζουν τις γνώσεις μας για τη μυκηναϊκή λατρεία γενικότερα, καθώς από την ηπειρωτική Ελλάδα, εκτός από τα ιερά των Μυκηνών, της Τίρυνθας και της Ασίνης, δεν υπάρχουν άλλα ικανοποιητικά στοιχεία για την τέλεση της λατρείας σε ειδικά σχεδιασμένους χώρους. Τα αρχαιολογικά ευρήματα των ιερών (ειδώλια και λατρευτικά σκεύη), που είναι πανομοιότυπα με εκείνα της ηπειρωτικής Ελλάδας, δίνουν την εντύπωση ότι η λατρεία στα νησιά συνεχίστηκε πλήρως ενταγμένη στις αρχές και το τυπικό της μυκηναϊκής θρησκείας.