Σύμφωνα με τα μέχρι στιγμής αρχαιολογικά δεδομένα φαίνεται πως κατά τη Μέση Χαλκοκρατία σημειώνονται αλλαγές στο οικιστικό σχήμα των νησιών του Αιγαίου, ορατές στη μείωση του αριθμού των οικισμών και στη συγκέντρωση σε αυτούς μεγαλύτερου αριθμού κατοίκων. Οι αλλαγές αυτές είναι αποτέλεσμα των οικονομικών συνθηκών που επικρατούν στο Αιγαίο κατά τα τέλη της Πρώιμης Χαλκοκρατίας, καθώς και των νέων, που σηματοδοτούνται από την έντονη μινωική παρουσία στο διαμετακομιστικό εμπόριο του Αιγαίου κατά τη Μέση Χαλκοκρατία.

Στις Κυκλάδες αναπτύσσονται μεγάλες, πυκνοδομημένες και οχυρωμένες πόλεις, στις οποίες, για περισσότερη ασφάλεια, στεγάζεται το μεγαλύτερο μέρος του πληθυσμού κάθε νησιού. Η Φυλακωπή ΙΙ απλώνεται σε έκταση 18 στρεμμάτων και περιλαμβάνει οικοδομικά συγκροτήματα μικρών σπιτιών, κτισμένων από αδρές ή λαξευμένες πέτρες. Διαθέτει δρόμους, πλάτους 1,5 μέτρου, προσανατολισμένους στα σημεία του ορίζοντα, σκαλοπάτια για τη μετάβαση από τα χαμηλότερα στα ψηλότερα επίπεδα του οικισμού και πιθανότατα τείχος, κατά μήκος του αυχένα της χερσονήσου. Η Αγία Ειρήνη Κέας (φάσεις IV-V) περιλαμβάνει λιθόκτιστο τείχος ενισχυμένο με ημικυκλικούς πύργους, ενώ στο εσωτερικό της ξεχωρίζει ένα οικοδόμημα, το ιερό της κοινότητας.

Στο βόρειο Αιγαίο κατοικούνται λίγοι μόνον οικισμοί της Πρώιμης Χαλκοκρατίας με πρωτοαστικά χαρακτηριστικά, όπως το Μικρό Βουνί Σαμοθράκης και το Κουκονήσι Λήμνου. Είναι οχυρωμένοι με λιθόκτιστο τείχος και διατηρούν ως βασική κτηριακή μονάδα το ορθογώνιο στενόμακρο οικοδόμημα με μικρό κλειστό προθάλαμο και μεγάλο κυρίως δωμάτιο (μεγαρόσχημο). Πυκνή δόμηση σε οικοδομικά τετράγωνα όμοια με της Θερμής IV, οδικό δίκτυο παράλληλων δρόμων (τουλάχιστον δύο) που διατρέχουν τον οικισμό από βορρά προς νότον και τέμνονται κάθετα από άλλους μικρότερους, μικρές κοινόχρηστες πλατείες και πηγάδια στο Κουκονήσι, πιστοποιούν την αρχιτεκτονική συνέχεια από την Πρώιμη Χαλκοκρατία στα βαλλόμενα από συχνούς σεισμούς νησιά του βόρειου Αιγαίου.