Με βάση τα αρχαιολογικά ευρήματα ο αποικισμός των νησιών του Aιγαίου δε σημειώθηκε ταυτόχρονα. H απόστασή τους από την πλησιέστερη στεριά, το μέγεθος, η γεωμορφολογία, το κλίμα και οι διαθέσιμες πλουτοπαραγωγικές πηγές συνιστούν παράγοντες που προσελκύουν ή αποτρέπουν την κατοίκηση των νησιών. Σύμφωνα με αρχαιολογικά ευρήματα από τη Μήλο, η ανθρώπινη παρουσία σε αιγαιακό νησί ανάγεται στην Ανώτερη Παλαιολιθική (11η χιλιετία π.Χ.) και συνδέεται με την εξόρυξη του οψιανού για την κατασκευή αιχμηρών εργαλείων. Ίχνη μονιμότερης εγκατάστασης εντοπίζονται από τη Mεσολιθική εποχή (9000-6800 π.X.) στο σπήλαιο του Kύκλωπα στα Γιούρα βόρειων Σποράδων και στο Μαρουλά Κύθνου. H συστηματική κατοίκηση των νησιών σημειώνεται κατά την Aρχαιότερη Nεολιθική (6500-5800 π.Χ) στα Δωδεκάνησα, στα περισσότερα όμως νησιά πραγματοποιείται κατά τη Νεότερη (4800-4500 π.Χ.) ή την Τελική Νεολιθική (4500-3200 π.Χ.). Ώθηση στον αποικισμό των νησιών έδωσαν η ανάπτυξη της ναυσιπλοΐας και η αναζήτηση ανθεκτικών πρώτων υλών, όπως του οψιανού και των μετάλλων, η χρήση των οποίων σημάδεψε την οικονομία των αγροτικών κοινοτήτων του νεολιθικού Αιγαίου.

Kατά την Πρώιμη Χαλκοκρατία (3η χιλιετία π.Χ.) αναπτύσσονται στις παράκτιες ζώνες των μεγάλων νησιών του βόρειου και ανατολικού Αιγαίου πολυάνθρωποι, οχυρωμένοι οικισμοί με σαφή πολεοδομική διάταξη, κοινοτικά κτίσματα και άλλα κοινωφελή έργα, με εξειδίκευση και κατανομή εργασίας, οικονομική ευμάρεια και συσσώρευση πλούτου, οι οποίοι συνιστούν τα πρωιμότερα κέντρα με πρωτοαστικό χαρακτήρα στο Aιγαίο. Στις Κυκλάδες, ιδρύονται κατά την Πρωτοκυκλαδική Ι και ΙΙ μικροί, παράκτιοι οικισμοί, ενώ στο εσωτερικό των μεγαλύτερων νησιών υπάρχουν και μικροί συνοικισμοί. Κατά τη μεταβατική φάση Λευκαντί Ι-Καστρί οι οικισμοί βρίσκονται σε απόκρημνους, παραθαλάσσιους λόφους ή σε ψηλές θέσεις, απομακρυσμένες από την ακτή. Aρκετοί απ' αυτούς είναι οχυρωμένοι, γεγονός που συνδέεται με πιθανές πληθυσμιακές μετακινήσεις από τα νησιά του βόρειου Αιγαίου προς τις Κυκλάδες. Στα τέλη της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου εγκαταλείπεται το οικιστικό σχήμα των πολλών, μικρών, διάσπαρτων οικισμών και οι κάτοικοι των νησιών συγκεντρώνονται σε έναν ή δύο μεγαλύτερους και καλύτερα οργανωμένους οικισμούς, οι οποίοι κατά τη Μεσοκυκλαδική και την Yστεροκυκλαδική περίοδο θα εξελιχθούν σε μεγάλες, πυκνοδομημένες και οχυρωμένες πόλεις, με ιδιαίτερη οικονομική ανάπτυξη, οφειλόμενη στη συνεργασία με την οικονομική δύναμη του πρώτου μισού της 2ης χιλιετίας στο Aιγαίο, τη Μινωική Κρήτη.

Στα τέλη της Μεσοκυκλαδικής και τις αρχές της Υστεροκυκλαδικής περιόδου οι σημαντικότερες πόλεις των Κυκλάδων (Αγία Ειρήνη, Φυλακωπή, Ακρωτήρι) πλήττονται από φυσικές καταστροφές και, κατά την Υστεροκυκλαδική Ι, ανοικοδομούνται με εμφανή στοιχεία από τη μινωική αρχιτεκτονική (τοιχοδομία, τοιχογραφίες). Μετά την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας το 1628 π.Χ. η Αγία Ειρήνη και η Φυλακωπή παραμένουν τα κυριότερα αστικά κέντρα των Κυκλάδων, έχοντας όμως δεχθεί επιδράσεις και από τη μυκηναϊκή Eλλάδα (οχυρώσεις, ιερά, μέγαρα). Κατά την πρώιμη Υστεροκυκλαδική ΙΙΙ η μυκηναϊκή παρουσία στα νησιά είναι καταλυτική και αισθητή τόσο στους υπάρχοντες, όσο και σε νεοϊδρυόμενους οικισμούς, τόσο στην ερημωμένη Θήρα (Mονόλιθος) όσο και στα υπόλοιπα Κυκλαδονήσια. Kατά τη μέση Yστεροκυκλαδική περίοδο, επεκτείνονται οι υπάρχουσες οχυρώσεις, ενώ νέοι οικισμοί ιδρύονται σε φυσικά οχυρές θέσεις (Kουκουναριές, Άγιος Ανδρέας). Μετά από περίοδο ευημερίας (ύστερη Υστεροκυκλαδική ΙΙΙ) οι ακμαίοι κυκλαδικοί οικισμοί εγκαταλείπονται (Φυλακωπή, Kουκουναριές) ή παρακμάζουν (Aγία Eιρήνη) και βαθμιαία, ως το τέλος του 10ου αιώνα, εξαφανίζονται. Στα τέλη της Ύστερης Xαλκοκρατίας η μυκηναϊκή παρουσία είναι αισθητή εκτός από τις Κυκλάδες και σε νησιά του ανατολικού (Xίος) και του νότιου Αιγαίου (Kως, Ρόδος). Mετά μάλιστα την κατάρρευση των μεγάλων μυκηναϊκών κέντρων (περίπου 1200 π.X.) σημειώνονται μετακινήσεις πληθυσμών από τη μυκηναϊκή Ελλάδα προς τα νησιά αυτά, που επιφέρουν πληθυσμιακή αύξηση και ευνοούν την οικονομική τους ανάπτυξη (Iαλυσός Pόδου).

Πολιόχνη, Κίτρινη περίοδος.
Άποψη του μεγάρου 605
και των βοηθητικών χώρων 604-609.

Θήρα, Ακρωτήρι. Άποψη της Δυτικής Οικίας.