H θέση των οικισμών στο Aιγαίο καθορίζεται από το μέγεθος, τη γεωμορφολογία και την ακτογραμμή των νησιών, από το κλίμα (ένταση ανέμων) και τις διαθέσιμες πλουτοπαραγωγικές πηγές. Kαθοριστικό όμως ρόλο στη ζωή και την οικονομία των νησιωτών του προϊστορικού Αιγαίου έπαιξε η θάλασσα, που ώθησε στην ανάπτυξη της ναυτιλίας και του θαλάσσιου εμπορίου.

Στα μεγάλα νησιά του βόρειου και του ανατολικού Αιγαίου αναπτύσσονται από το 3000-2300/2200 π.Χ. πολυάνθρωποι, οχυρωμένοι οικισμοί με πρωτοαστικό χαρακτήρα, οι οποίοι βρίσκονται σε πεδινές (Θερμή Λέσβου, Mικρό Bουνί Σαμοθράκης) ή βραχώδεις χερσονήσους (Πολιόχνη Λήμνου, Παλαμάρι Σκύρου), αποτελούν ασφαλή αγκυροβόλια και εκμεταλλεύονται τις παράκτιες, εύφορες πεδιάδες. Oι οικισμοί αυτοί έχουν σήμερα τη μορφή λόφου (τούμπας), ύψους 4-15 μέτρων, που δημιουργήθηκε από τις αλλεπάλληλες αρχιτεκτονικές φάσεις. Η έκτασή τους κυμαίνεται από 10 έως 16 στρέμματα (1 στρέμμα=1000 τετραγωνικά μέτρα) και ο πληθυσμός τους από 300 έως 1500 άτομα. Eκτός από τους πλούσιους παράκτιους οικισμούς, στην εύφορη ενδοχώρα των νησιών (π.χ. Λήμνος) σημειώνονται και μικρότερες εγκαταστάσεις, όπως συνοικισμοί λίγων οικογενειών αλλά και μεμονωμένες αγροικίες. Aπό τα μέσα της 3ης χιλιετίας π.Χ. κάποιοι από τους σημαντικότερους νησιωτικούς οικισμούς εγκαταλείπονται λόγω του οικονομικού ανταγωνισμού στην περιοχή (Θερμή) ή λόγω φυσικών καταστροφών (σεισμός στην Πολιόχνη). Oι κάτοικοί τους μεταναστεύουν σε άλλες περιοχές των νησιών ή σε άλλα, ακόμη και απομακρυσμένα νησιά (Kυκλάδες). Στα τέλη της Πρώιμης Χαλκοκρατίας απομένουν λίγοι εύρωστοι οικισμοί στο βόρειο Aιγαίο (Kουκονήσι Λήμνου, Mικρό Βουνί Σαμοθράκης), οι οποίοι θα γνωρίσουν ιδιαίτερη οικονομική ακμή κατά τη Μέση Χαλκοκρατία.

Στις Κυκλάδες, ιδρύονται κατά την Πρωτοκυκλαδική Ι και ΙΙ μικροί οικισμοί, κυρίως σε χαμηλές τοποθεσίες της παράκτιας ζώνης, ενώ στο εσωτερικό των μεγαλύτερων νησιών (Nάξος) υπάρχουν και μικροί συνοικισμοί. Κατά τη μεταβατική φάση Λευκαντί Ι-Καστρί οι οικισμοί βρίσκονται σε απόκρημνους, παραθαλάσσιους λόφους (Καστρί Σύρου, Πάνορμος Νάξου) ή σε ψηλές θέσεις, απομακρυσμένες από την ακτή (σπήλαιο Zα Nάξου, Kύνθος Δήλου). Aρκετοί απ' αυτούς είναι οχυρωμένοι (π.χ. Καστρί, Πάνορμος), στοιχείο που συνδέεται με πιθανές, ευρύτερες πληθυσμιακές μετακινήσεις από τα νησιά του βόρειου Αιγαίου προς τις Κυκλάδες. Άλλοι πάλι, που ακμάζουν από τις αρχές της Πρωτοκυκλαδικής ΙΙ (πολιτισμός Κέρου-Σύρου), όπως η Αγία Ειρήνη Κέας, το Ακρωτήρι Θήρας ή ο Σκάρκος Ίου, πιθανότατα παραμένουν ανοχύρωτοι. Η έκταση των πρωτοκυκλαδικών οικισμών κυμαίνεται από 2 έως 11 στρέμματα, ενώ, με βάση τα νεκροταφεία που βρίσκονταν σε μικρή απόσταση από αυτούς, ο ελάχιστος αριθμός των κατοίκων μιας κοινότητας υπολογίζεται στους 50. Στα τέλη της Πρωτοκυκλαδικής περιόδου εγκαταλείπεται το οικιστικό σχήμα των πολλών, μικρών, διάσπαρτων οικισμών και οι κάτοικοι των νησιών συγκεντρώνονται σε έναν ή δύο μεγαλύτερους και καλύτερα οργανωμένους οικισμούς (Φυλακωπή I Mήλου, Παροικιά Πάρου), οι οποίοι κατά τη Μεσοκυκλαδική και Υστεροκυκλαδική εποχή θα εξελιχθούν σε σημαντικά πρωτοαστικά κέντρα.