Η αυξημένη αποσάθρωση των πετρωμάτων, κατά τη διάρκεια της τεταρτογενούς περιόδου, οδήγησε στη διάβρωση και στη συνέχεια στην απόθεση μιας μεγάλης ποσότητας υλικού στην κοιλάδα της Μεσαράς αλλά και σε κοιλάδες που βρίσκονται σε ψηλότερο υψόμετρο, όπως του Ομαλού, της Νίδας και του Λασιθίου. Σε ισχυρή διάβρωση που, όπως και στην ηπειρωτική Ελλάδα, παρατηρείται στις πλαγιές και στις κοίτες των κοιλάδων, οδήγησαν και οι εντατικές αγροτικές καλλιέργειες και η αποψίλωση των δασών κατά την Πρώιμη εποχή του Χαλκού. Τα εδάφη που απαντούν συχνότερα στην Κρήτη είναι διάφορα κοκκινοχώματα και σκούρα πετρώδη, τα οποία βρίσκονται επάνω σε σκληρό ασβεστολιθικό υπόστρωμα. Τα καταλληλότερα εδάφη για καλλιέργεια δημιουργούνται σε περιοχές με φλύσχη και σχιστόλιθο, ιδιαίτερα αν αυτά συναντώνται σε υδροφόρες κοιλάδες και οροπέδια, όπου τα προϊόντα διάβρωσης είναι εμφανέστερα. Τέτοιες, ιδιαίτερα ευνοϊκές για την εγκατάσταση συνθήκες παρατηρούνται σε περιοχές της Ίδης, του Μόχλου, της Νεάπολης, της Σητείας, και της Άνω Ζάκρου. Ειδικότερα ο φλύσχης, που απαντά στα Αστερούσια, τα Ανώγεια, τις Γωνιές, την Ίδη και το οροπέδιο του Λασιθίου, συνοδεύεται πάντα από καλής ποιότητας έδαφος που μπορεί να συγκριθεί με αυτό των νεογενών πετρωμάτων.

Τα νεογενή εδάφη, που καταλαμβάνουν μόλις το ένα τρίτο της επιφάνειας της Κρήτης, αποτελούν το καταλληλότερο υπόστρωμα για αγροτική εκμετάλλευση. Πρόκειται για παλαιότερες αποθέσεις, που έχουν συγκεντρωθεί στον πυθμένα της θάλασσας και έχουν σχηματίσει ένα εκτεταμένο στρώμα από θαλάσσια μάργα και κροκαλοπαγή πετρώματα. Μεγάλες περιοχές μαλακού ασβεστόλιθου και μάργας βρίσκονται στη βόρεια και κεντρική περιοχή, ανατολικά της Ίδης, στους λόφους της Φαιστού, στην Κνωσό και στη δυτική Μεσαρά. Στη νότια Κρήτη συναντώνται, στους πρόποδες των Αστερουσίων και της Ίδης. Τα καθαρά ασβεστολιθικά εδάφη είναι ιδανικά για να κατακρατούν τα ύδατα τους καλοκαιρινούς μήνες και να μετατρέπουν τα οργανικά κατάλοιπα σε χρήσιμο για την καλλιέργεια διοξείδιο του άνθρακα.

Τα κροκαλοπαγή εδάφη είναι λιγότερο κατάλληλα για καλλιέργεια, επειδή είναι σκληρά και βρίσκονται σε περιοχές που αποτελούνται κατά μεγάλο μέρος από γυμνούς βράχους. Σε τέτοιες άγονες περιοχές η εκμετάλλευση είναι δυνατή μόνο όταν υπάρχουν πεδιάδες η οροπέδια, εκεί δηλαδή όπου υπάρχει αρκετή υγρασία και πλούσια προϊόντα διάβρωσης, όπως στις λοφώδεις περιοχές βόρεια από την κοιλάδα της Μεσαράς, στην κοιλάδα του Αμαρίου, στον ισθμό της Ιεράπετρας, στ' ανατολικά της κορυφής της Δίκτης και σε διάφορα μέρη της ανατολικής Κρήτης, ιδιαίτερα στη Σητεία, την Πραισό, την χερσόνησο Τόπλου και στις νότιες βουνοκορφές της ανατολικής Κρήτης. Tα κροκαλοπαγή εδάφη καλύπτουν επίσης μεγάλες περιοχές της ανατολικής Κρήτης, συμβάλλοντας έτσι στη ακαταλληλότητα για καλλιέργεια αυτής της περιοχής σε σχέση με την κεντρική και βόρεια Κρήτη.