Στην οικοδόμηση των μινωικών κτηρίων χρησιμοποιήθηκαν πολλά διαφορετικά πετρώματα διαφόρων χρωμάτων ώστε το τελικό αισθητικό αποτέλεσμα, τόσο των εξωτερικών όσο και των εσωτερικών χώρων να χαρακτηρίζεται από έντονη πολυχρωμία. Το κύριο υλικό της τοιχοδομίας ήταν οι λαξευμένοι δόμοι από πωρόλιθο. Άλλα, λιγότερο συνήθη υλικά ήταν οι κροκαλοπαγείς λίθοι, η κουσκουρόπετρα και ο σχιστόλιθος, ενώ ο γυψόλιθος χρησιμοποιήθηκε κυρίως για την οικοδόμηση πολυτελών κτηρίων. Από λίθινους δόμους ήταν κτισμένοι οι εξωτερικοί και οι εσωτερικοί τοίχοι, ενώ τα κατώφλια ήταν στρωμένα με λίθινες πλάκες. Διάφορα είδη μαρμάρου διακοσμούσαν μικρότερες επιφάνειες πολυτελών χώρων, δάπεδα, βάσεις κιόνων και επενδύσεις τοίχων. Ως συνδετικό υλικό μεταξύ των δόμων χρησιμοποιόταν πηλός ανακατεμένος με χαλίκια, όστρακα και άχυρο. Οι εξωτερικοί τοίχοι, που ήταν κτισμένοι με μεγαλύτερη επιμέλεια από τους εσωτερικούς, ήταν συνήθως στεγανοποιημένοι με πηλόχωμα. Οι εσωτερικοί τοίχοι καλύπτονταν από χρωματιστά ασβεστοκονιάματα, τα οποία στα σημαντικότερα διαμερίσματα ήταν διακοσμημένα με τοιχογραφίες υψηλής ποιότητας.

Στην τοιχοδομία χρησιμοποιήθηκε και αρκετό ξύλο, παρόλο που η ξυλεία δεν ήταν άφθονη στην Κρήτη. Το ξύλο εξασφάλιζε την ελαστικότητα των κτηρίων και κατά συνέπεια την προστασία τους από τους σεισμούς. Ξυλεία χρησιμοποιήθηκε κυρίως για την κατασκευή κιόνων, παραστάδων και θυρωμάτων και ως στήριγμα της οροφής και των δαπέδων. Από ξύλο κατασκευάζονταν συχνά τα κλιμακοστάσια, ενώ οι ξύλινες επενδύσεις των τοίχων χρησιμοποιήθηκαν πολλές φορές ως φθηνό υποκατάστατο της ορθομαρμάρωσης. Ξύλινα τμήματα σε οικοδομήματα δεν έχουν διατηρηθεί, αλλά αναπαριστώνται συχνά με λεπτομέρεια στην τέχνη.

Τα δάπεδα παρουσίαζαν επίσης έντονη πολυχρωμία, καθώς οι λίθινες πλάκες συνδυάζονταν με χρωματιστά κονιάματα ή βοτσαλωτές επιφάνειες. Τα δάπεδα των ισογείων ήταν συχνά στρωμένα με χαλικάσβεστο, ενώ πολλές φορές μεταξύ των πλακών δημιουργούνταν διάχωρα γεμισμένα με φθαρτά υλικά. Αν και δεν υπάρχουν αρκετά αποδεικτικά στοιχεία για τη χρήση άλλων υλικών, θεωρείται πολύ πιθανό να είχε χρησιμοποιηθεί και το μέταλλο σε οικοδομικές λεπτομέρειες αλλά και υφάσματα για την κάλυψη των πολυθύρων.