Καθ' όλη τη διάρκεια της εποχής του Χαλκού η οικονομία της Κρήτης παρέμεινε προνομισματική, βασιζόταν δηλαδή στις ανταλλαγές προϊόντων και όχι στη χρήση νομισμάτων. Mέχρι τα τέλη της Μινωικής περιόδου οι κύριοι οικονομικοί πόροι ήταν η γεωργία και η κτηνοτροφία και κατά δεύτερο λόγο το εμπόριο των βιοτεχνικών προϊόντων. Ανάμεσα στα πρώτα ανταλλάξιμα είδη της Πρωτομινωικής εποχής θεωρούνται τα μέταλλα, ο οψιανός και σπανιότερα τα έργα της τέχνης. Την οργανωμένη άσκηση του εμπορίου κατ' αυτή την περίοδο υποδηλώνει η ευρεία χρήση των σφραγίδων που βρίσκονται κυρίως σε ταφικά σύνολα.
Το διοικητικό σύστημα της ανακτορικής εποχής οδήγησε σε μία νέα μορφή συγκεντρωτικής οικονομίας, όπου τα προϊόντα συλλέγονταν και διατίθενταν αποκλειστικά από τα ανακτορικά κέντρα. Τα αγαθά που διακινούνταν στα ανάκτορα ήταν κυρίως γεωργικά και κτηνοτροφικά προϊόντα, ενώ σημαντικό ρόλο έπαιζαν τα εργαλεία και τα πολυτελή έργα της μινωικής τέχνης. Όπως προκύπτει από τα κείμενα των ανακτορικών αρχείων, μεγάλη εμπορική αξία θα πρέπει να είχαν και βιοτεχνικά προϊόντα από φθαρτές ύλες, όπως τα υφάσματα και τα έργα της ξυλουργικής. Τα χάλκινα τάλαντα που βρέθηκαν σε μερικές θέσεις, αν και μπορεί να είχαν χρησιμοποιηθεί ως ανταλλάξιμα είδη, μάλλον δε χρησιμοποιήθηκαν ποτέ ως καθαρή νομισματική αξία, όπως είχε αρχικά υποτεθεί. Για τον έλεγχο του εμπορίου αναπτύχθηκε ένα ασφαλές γραφειοκρατικό σύστημα. Τα προϊόντα σφραγίζονταν και αποθηκεύονταν σε ειδικούς χώρους μέχρι τη μεταφορά τους στον τόπο του τελικού τους προορισμού. Η συστηματική και ευρείας κλίμακας αποθήκευση αγαθών δημιούργησε στη συνέχεια την ανάγκη της αρχειοθέτησης που οδήγησε με τη σειρά της, όπως και στη Μεσοποταμία, στην επινόηση και τη συστηματική χρήση του συστήματος γραφής.
Η αναζήτηση πρώτων υλών για τις ανάγκες της ανακτορικής βιοτεχνίας αποτέλεσε ένα καθοριστικό έναυσμα για την άσκηση του εμπορίου σε διεθνή κλίμακα και κατά συνέπεια για την εντατικοποίηση των μεταφορών και της ναυτιλίας. Το εξωτερικό εμπόριο συνίστατο στις ανταλλαγές κρητικών προϊόντων με δυσεύρετες πρώτες ύλες και πολυτελή προϊόντα ξένων χωρών, αλλά είναι πολύ πιθανό ότι οι κρήτες ναυτικοί είχαν αναλάβει και το διαμετακομιστικό εμπόριο στο πλαίσιο ενός διεθνούς εμπορικού δικτύου. Η εισαγωγή των αναγκαίων πρώτων υλών και η ειρηνική περίοδος που εξασφάλιζε η μινωική θαλασσοκρατία βοήθησαν την ανάπτυξη της τεχνολογίας και την άσκηση των τεχνών σε επίπεδο σημαντικής οικονομικής εκμετάλλευσης. Ανάμεσα στα αποτελέσματα της ακμάζουσας οικονομίας ήταν και η κατασκευή δημόσιων έργων, όπως δρόμοι, γέφυρες και υδραγωγεία.
Η μυκηναϊκή κυριαρχία στην Κρήτη οδήγησε σταδιακά σε μια οικονομία αυστηρά γραφειοκρατική και μάλλον στρατοκρατούμενη που κατά τα τέλη της Ύστερης Xαλκοκρατίας άρχισε να εμφανίζει έντονα σημάδια παρακμής. Ως κύρια αίτια της οικονομικής παρακμής θεωρούνται η φυσική φθορά του πολιτικού συστήματος αλλά και οι διεθνείς αναταραχές αυτής της εποχής που εξιστορούνται γλαφυρά στις γραπτές πηγές της Ανατολής. Οι πολεμικές συγκρούσεις στην Ανατολή είχαν αντίκτυπο και στο εσωτερικό του νησιού λειτουργώντας έτσι ανασταλτικά στην ανάπτυξη της οικονομίας. Εξαιτίας τους αποκλείσθηκαν ίσως πολλές από τις διεθνείς αγορές, ενώ η πιθανή εμπλοκή της Κρήτης στις πολεμικές συρράξεις κατέστειλε την ανάπτυξη των ειρηνικών έργων. Μετά τη συρρίκνωση της οικονομίας της, η Κρήτη έχασε τη διεθνή της ακτινοβολία, που στηριζόταν κυρίως στο εξωτερικό εμπόριο και ακολούθησε την ιστορική πορεία της μυκηναϊκής Ελλάδας που εισήλθε στην οικονομική παρακμή και την απομόνωση των σκοτεινών χρόνων.