Τα λίθινα εργαλεία αποτελούν από την Παλαιολιθική εποχή μέσα απαραίτητα για την τέλεση ποικίλων οικονομικών δραστηριοτήτων. Το πέρασμα του ανθρώπου κατά τη Νεολιθική εποχή στο παραγωγικό στάδιο επιβάλλει από την 7η χιλιετία π.Χ. την αναζήτηση και κατασκευή νέων τύπων εργαλείων, σε ασυνήθιστα μέχρι τότε υλικά, επεκτείνοντας την τεχνογνωσία και εξυπηρετώντας πλήρως τις νέες ανάγκες. Με κριτήρια το είδος των πρώτων υλών που χρησιμοποιούνται και τις τεχνικές που απαιτούνται για την επεξεργασία τους διακρίνονται δυο κατηγορίες εργαλείων, τα εργαλεία από αποκρουσμένο και από λειασμένο λίθο.

Η μέθοδος της απόκρουσης εφαρμόζεται σε υλικά με οστρεοειδή θραύση, όπως ο πυριτόλιθος και ο οψιανός. Κατά τη Νεολιθική παράγονται λεπίδες από ποικιλίες ανθεκτικού πυριτόλιθου (ίασπις, ανοιχτόχρωμοι πυριτόλιθοι) και από οψιανό της Μήλου. Η διακίνηση οψιανού της Μήλου σε όλες τις γεωγραφικές ενότητες της Ελλάδας εντάσσεται σε ένα ευρύ πλέγμα ανταλλαγών, ενώ οι πηγές του πυριτόλιθου παραμένουν σε πολλές περιπτώσεις άγνωστες, αφήνοντας έτσι ασαφές το πλαίσιο διακίνησής του. Οι λεπίδες χρησιμοποιούνται στις πρώτες φάσεις της Νεολιθικής ως μαχαίρια ανεξάρτητα ή με οστέινη/κεράτινη λαβή. Ιδιαίτερα οι λεπίδες πυριτόλιθου προσαρμόζονται η μια δίπλα στην άλλη σε ξύλινο στέλεχος, σχηματίζοντας έτσι στοιχεία δρεπανιού, που αντικαθίστανται μετά από πολλές χρήσεις. Οι στομωμένες λεπίδες όμως δεν αχρηστεύονται, αλλά ξαναχρησιμοποιούνται ως ξέστρα.

Αξιοσημείωτη είναι κατά τη Νεότερη Νεολιθική η αύξηση χρήσης του οψιανού για την κατασκευή τρυπανιών και ξέστρων, αιχμών για βέλη (νότια Ελλάδα, Κυκλάδες) αλλά και δόρατα. Οι τριγωνικές ή φυλλόσχημες αιχμές δοράτων από οψιανό αποτελούν μια ιδιαίτερα μικρή κατηγορία ευρημάτων που διακινούνται, πιθανότατα ως "σύμβολα γοήτρου", από την Πελοπόννησο και τα νησιά του Αιγαίου μέχρι τη Μακεδονία.


Η εμφάνιση εργαλείων από λειασμένα κρυσταλλικά ή σχιστώδη πετρώματα συμβαδίζει με την έναρξη του γεωργοκτηνοτροφικού σταδίου στον ελλαδικό χώρο (7η χιλιετία π.Χ.) και η χρήση τους είναι εντατική τόσο κατά τη Νεολιθική όσο και κατά την εποχή του Χαλκού. Σε μεταμορφικά πετρώματα (π.χ. σερπεντίνες) κατασκευάζονται, με σφυροκόπημα, λείανση, τριβή και πριόνισμα εργαλεία που χρησιμοποιούνται ως πελέκεις, αξίνες και σμίλες. Ο καθορισμός της χρήσης τους εξαρτάται από την κατεύθυνση της κόψης του εργαλείου ως προς τη λαβή του στειλεού. Ο στειλεός, το τμήμα δηλαδή, στο οποίο προσαρμόζεται το εργαλείο για την καλύτερη δυνατή χρήση του, ήταν κυρίως τμήμα από ελαφοκέρατο.

Από κρυσταλλικά πετρώματα κατασκευάζονται επίσης μυλόλιθοι και τριπτήρες, απαραίτητοι για το άλεσμα του σταριού. Οι μυλόλιθοι χρησιμοποιούνται επίσης ως επιφάνειες εργασίας κατά την κατασκευή κοσμημάτων.

Τέλος, στα λειασμένα εργαλεία της Νεότερης Νεολιθικής ανήκουν και τα "ρόπαλα" (κρανιοθραύστες), λίθινες δηλαδή σφαίρες με διαμπερή οπή, από την οποία δένεται σχοινί, με τη βοήθεια του οποίου η σφαίρα τίθεται σε περιστροφική κίνηση προκειμένου να εκτοξευτεί αποτελεσματικά. Η παλαιότερη αυτή ερμηνευτική προσέγγιση των "ροπάλων" πρέπει μάλλον να αναθεωρηθεί, μια και το υλικό κατασκευής τους είναι συνήθως ξεχωριστό και σπάνιο. Ίσως και στην περίπτωση αυτή να πρόκειται για ένα από τα στοιχεία "κοινωνικού γοήτρου", που εντοπίζονται στις τελευταίες φάσεις της Νεολιθικής.