Το σπήλαιο του Κύκλωπα βρίσκεται στο νότιο τμήμα του βραχώδους και αφιλόξενου νησιού Γιούρα. Tα Γιούρα ανήκουν στο νησιωτικό σύμπλεγμα των βόρειων Σποράδων και απέχουν περίπου 20 μίλια από την Αλόννησο.



Το σπήλαιο του Κύκλωπα βρίσκεται σήμερα σε υψόμετρο 150 μέτρων από την επιφάνεια της θάλασσας, και είναι, με διαστάσεις θαλάμου 60Χ50 και ύψος 15 μέτρα, το μεγαλύτερο των βόρειων Σποράδων. Η συστηματική ανασκαφική έρευνα στο εσωτερικό του (1992-95) τεκμηριώνει αδιάκοπη ανθρώπινη δραστηριότητα από τη Μεσολιθική εποχή (10.000-6.800 π.X.) στην Προκεραμική Νεολιθική (6800-6500 π.X.), μέχρι τη Νεότερη Νεολιθική περίοδο ΙΙ και τις αρχές της Τελικής Νεολιθικής (4600/4500-3300/3200 π.Χ.). Η χρήση του σπηλαίου συνεχίστηκε και κατά τους ιστορικούς χρόνους (Κλασική-Ρωμαϊκή περίοδος).



Στις ανασκαφικές τομές που διανοίχθηκαν στην είσοδο του σπηλαίου διερευνήθηκαν ανθρωπογενείς επιχώσεις, πλουσιότατες σε λίθινα και οστέινα τέχνεργα, κεραμική, οστά ζώων και ψαριών και όστρεα.



Ξεχωριστή σημασία για την Προϊστορία του Αιγαίου έχουν οι επιχώσεις της Μεσολιθικής εποχής, πάχους 1,8 μέτρων, που αποδεικνύουν την εντατική χρήση του σπηλαίου κατά την περίοδο αυτή. Λίθινα τέχνεργα και οστά ζώων επιβεβαιώνουν τη διεξαγωγή του κυνηγιού, ενώ τα φυτικά κατάλοιπα και τα πολυάριθμα όστρεα και σαλιγκάρια πιστοποιούν την αμείωτη τροφοσυλλογή. Eκατοντάδες οστά ψαριών, κυρίως τονοειδών, και δεκάδες οστέινα αγκίστρια (περίπου 45) διαφόρων μεγεθών (6 χιλιοστά-7 εκατοστά), φανερώνουν εντατικές αλιευτικές δραστηριότητες με προηγμένο εργαλειακό εξοπλισμό.



Eπειδή η θαλάσσια αυτή περιοχή είναι ακόμη και σήμερα πέρασμα τονοειδών, κυρίως το φθινόπωρο, θεωρείται πιθανό ότι το σπήλαιο του Κύκλωπα φιλοξενούσε περιοδικά ομάδες εξειδικευμένων ψαράδων από τα γειτονικά νησιά, που αποδεδειγμένα κατοικούνταν εντατικά κατά την 9η-7η χιλιετία π.X. (Aλόννησος). Η μετάβαση από το ένα νησί στο άλλο, μέσα από τα στενά θαλάσσια περάσματα που υπήρχαν στην περιοχή στην αρχή του Ολόκαινου, γινόταν πιθανότατα με στοιχειώδη πλωτά μέσα (σχεδίες). Ας μην ξεχνάμε ότι η ναυσιπλοΐα στο Aιγαίο τεκμηριώνεται από τα μέσα της 9ης χιλιετίας, με τα τέχνεργα από οψιανό της Μήλου, που βρέθηκαν στο σπήλαιο Φράγχθι της Ερμιονίδας.





Στο σπήλαιο του Κύκλωπα βρέθηκε σε στρώματα της 9ης χιλιετίας π.X. και τμήμα από το κρανίο γυναίκας, της οποίας η ηλικία δεν έχει προσδιοριστεί με βεβαιότητα. Ανθρωπολογικό υλικό της Μεσολιθικής εποχής προέρχεται και από ταφές, που βρέθηκαν σε σπήλαια στην Αττική, στο Φράγχθι Ερμιονίδας, στη Θεόπετρα Καλαμπάκας και στο Μαρουλά Κύθνου.







Στα ευρήματα της Μεσολιθικής συγκαταλέγονται και κοσμήματα από όστρεο καθώς και πεταλίδες που, με ειδική επεξεργασία, μετασκευάστηκαν σε κουτάλια.