Η παρουσία των Βενετών εμπόρων στην Τραπεζούντα δεν ήταν τόσο ισχυρή όσο των Γενουατών και αντίστοιχα λιγότερο σημαντικές ήταν και οι κτήσεις τους στην πόλη αυτή. Προνόμια που τους δόθηκαν με χρυσόβουλα των Mεγάλων Kομνηνών το 1319, 1364 και 1367 επέτρεψαν τη δημιουργία ναυτικών βάσεων στην Τραπεζούντα. Και τα τρία χρυσόβουλα εντόπιζαν και περιέγραφαν το χώρο των βενετικών εγκαταστάσεων. Ο χώρος και τα δικαιώματα που παραχωρούνταν με το χρυσόβουλο του 1319 ήταν μάλλον μέτρια, συγκρινόμενα μάλιστα με τα αντίστοιχα των Γενουατών. Η βάση των Βενετών περιλάμβανε μια μικρή περιοχή, η οποία τοποθετούνταν δυτικά του Λεοντοκάστρου, ανατολικά από το ναό του αγίου Γρηγορίου Νύσση και βόρεια σε σχέση με το Μαϊτάνιν και έφτανε προφανώς μέχρι τη θάλασσα.
Από το 1345 μέχρι το 1363 δεν έχουμε μαρτυρία για τη διεξαγωγή επίσημου εμπορίου μεταξύ των Βενετών και της Αυτοκρατορίας της Τραπεζούντας ούτε και για την ύπαρξη εγκατάστασης των Βενετών στο χώρο αυτής. Το 1363 ωστόσο ο Αλέξιος Γ΄ επανέφερε τους Βενετούς στην Τραπεζούντα, παραχωρώντας τους μια έκταση πίσω από τη μονή του Αγίου Θεοδώρου του Γαβρά μέχρι τη θάλασσα, γεγονός που προκάλεσε τη δυσαρέσκεια των Γενουατών. Το τρίτο σχετικό με τους Βενετούς χρυσόβουλο του 1367 ανήκε ξανά στον Αλέξιο Γ΄. Οι Βενετοί δεν είχαν πλέον την άδεια να δημιουργήσουν μόνο μια απλή εμπορική βάση, χτίζοντας σπίτια, ναό, αποθήκες, όπως στις προηγούμενες περιπτώσεις, αλλά και να χτίσουν κάστρο. Ο ίδιος ο Αλέξιος μάλιστα υποσχέθηκε να χτίσει με δική του δαπάνη ένα ενισχυτικό τείχος, έναν πύργο, μία τάφρο και γέφυρες. Οι Βενετοί κράτησαν το ονομαζόμενο "κάστρο" τους μέχρι τέλους, ενώ επισκευές και επιμέρους επιχορηγήσεις αναφέρονται μέχρι το 1447. Ο εντοπισμός της γεωγραφικής θέσης του Βενετικού κάστρου, της τρίτης δηλαδή εγκατάστασης των Βενετών στην πόλη της Τραπεζούντας, υπήρξε προβληματική για τους επιστήμονες. Κάποια όμως αρχαιολογικά κατάλοιπα που πλέον δε σώζονται, καθώς και οι περιγραφές των ιστορικών κειμένων, οδηγούν στο συμπέρασμα ότι το Βενετικό κάστρο βρισκόταν σε ένα μικρό ακρωτήριο, στο ανατολικό εκτός των τειχών τμήμα της πόλης.