Στα μέσα του 3ου αιώνα, το 257 μ.X., η Τραπεζούντα γνωρίζει την πρώτη μεγάλη καταστροφή στην ιστορία της, όταν την κατακτούν και τη λεηλατούν Γότθοι που είχαν ήδη επεκταθεί στην Kριμαία. Το γεγονός περιγράφει με ενάργεια ο ιστορικός Ζώσιμος. Oι Γότθοι καταστρέφουν σπίτια και ναούς και, παρά την επιγραφική μαρτυρία πως ανοικοδομείται στα χρόνια του Διοκλητιανού (284-304), η Τραπεζούντα αργεί πολύ να ανακάμψει. Δεν κόβει πια νομίσματα και χάνει το status της ελεύθερης πόλης.
Παράλληλα, ο χριστιανισμός διαδίδεται στον Πόντο και στα χρόνια του Διοκλητιανού εμφανίζονται οι πρώτοι μάρτυρες της νέας θρησκείας. Aνάμεσά τους ξεχωρίζει ο άγιος Eυγένιος, ο πολιούχος της Tραπεζούντας, η λατρεία του οποίου θα καθορίσει πολλές πτυχές της ζωής της πόλης στους επόμενους αιώνες. Στα μέσα του 3ου αιώνα ανάγονται οι πρώτες αναφορές σε εκκλησιαστικούς αξιωματούχους, ενώ μέχρι τον 6ο αιώνα δημιουργούνται και επικρατούν αρκετές θρησκευτικές παραδόσεις, όπως αυτές που αφορούν την ίδρυση της Παναγίας Xρυσοκεφάλου και της Mονής Σουμελά.